青海回族的早期教育主要以经堂教育为主，自明代中叶由陕西咸阳著名经师胡登洲创立继而延及青海并迅速发展起来。在尚未发展成为民族成员能够普遍接受的社会教育的时期，清真寺基本上承担着整个回族的教育功能。青海的经堂教育同样也是以清真寺为中心，阿訇为教师，其主要目的在于培养传承伊斯兰教和主持宗教活动的宗教职业者。西宁东关清真大寺是经堂教育开展比较早的清真寺，明末就开始兴办。至民国时期、乃至现在，清真大寺对提高回族伊斯兰教文化水平，培养伊斯兰教职业阿訇，特别是为汉译、注释伊斯兰教经典和著作，均起到了积极的作用，正如1938年《边声》创刊号中的文章所云：“此不唯东关回族同胞之信仰寄托地 ，亦为西北回族最高之学府，四川、陕西各地回族同胞来此求学者不乏其人”。但是经堂教育传授的知识面狭窄，课程设置严重脱离社会实际，保守意识浓厚，本能地拒绝接受汉文化及先进的科学文化，从而也导致了本民族科学文化的发展落后。
到清代以汉文化为主的文化教育因回族历史、宗教、风俗习惯和历史上造成的民族歧视等原因而发展滞后，《西宁府新志》记载：“轻视师书，尚鬼信巫，乡饮不举”。西宁道佥事杨应琚看到“郡东关回民甚多，多习回经而不读书”。所以致力办书院，举社学，兴义学。另一方面由于清政府镇压西北回民起义后认识到必须“教化”。为此要求“专设回民义学，教以师书，使其向化”。乾隆十一年（1746年），在回族居住比较集中的府城东关“创设学舍，延师教读”。这是清代统治者为“教化回民”而设立的第一所官办性质的回民学校，学堂出现后，1914年改为西宁县立高等小学堂，教员2人，学生6、70人，校舍简陋，毫无振兴。嘉庆九年（1840年），西宁道蔡廷衡、知府马愚捐四百两，创办四社学（东关大街、南关大街、北关中街、东门外街北），但同治时期兵燹，后来也因本银得到不到保证，随设随废。左宗棠镇压西北回民起义后，命令地方官在回民聚居区开设义学。同治十三（1874年）大通、西宁设回民义学。光绪二年（1876年），在贵德设有回民义学6处。同时，在巴燕戎格（今化隆县）也设有回民义学。
回民义学是清朝统治者推行民族歧视政策产物。他的目的并不是为提高回族群众的文化水平，而是借此同化掉这个民族。所以在清末在民族压迫的政治背景下，青海各地义学形同虚设，回族也因几经劫难造成生产凋敝，生活资料极度贫乏而无力供读。而且“以诵经为急务，以读书为当差”的封建思想观念的存在，“回民视念书为当差，富家子弟觅人代读”，使义学中“从者殊寡”，西宁以数十万众回族，入读社学者仅二十余人，因此文化教育极度落后。但是，社学、义学的设置视为学校教育在青海回族地区的萌芽，为此后小学教育的起步奠定了基础。