（一）村级财务决策“一言堂”，财务监管不到位
有效的村级财务民主决策，是我国农村财务管理体制健康运行的重要前提。但由于村干部对财政资金有很大的自主管理权，加之监管过程中的多头领导机制，使得财务监管形同虚设甚至缺位，所以村级财务决策中的“一言堂”现象层出不穷，进而导致了资金滥用的情况，比如村干部随意使用、挪用、侵占村集体资金。这些现象出现的首要原因是，村级财务决策权集中在少数村干部手中，并未真正通过村民代表大会落实；同时，大部分村民对这种财政监督意识不强甚至不知道自己拥有民主监督权力，往往只是根据其村委会公布的财务情况去查看，而很少能发现其中所存在的问题，久而久之，村民只是把其视作一种例行公事；其次，往往是村委会已经把所有的决策做完之后，再告知民众，所以这种监督体质在某种程度上失去了民主监督的意义；最后监管要求的村级理财小组形同虚设，没有按照正常的程序来选举，而是直接由村“两委”任命，起不到民主监督的作用。
（二）村级财务制度不健全，财务流程不规范
健全的村级财务制度建设，是我国农村财务管理体制健康运行的根本保障。这里的制度，既有财务核算层面的会计制度，又包含财务管理层面的内控制度。在当前政府对农村进行大量转移支付的背景下，制度建设的重要性更加凸显。但由于各种原因，不管是核算层面的会计制度，还是管理层面内控制度，均不同程度地存在不健全不规范问题，具体表现在：现有的《村集体经济组织会计制度》自2005年实施以来，未能与农村经济发展而同步修订，逐渐暴露出总账科目不够适用、二级科目不够详细的弊端，所以不同地区之间同一新属性经济业务在财务核算时存在自主肆意裁定的问题，而这给财务报表编制、财务指标比较带来极大影响，这已难以适应当前农村经济业务多元化和复杂化的需要，另外有的村对《村集体经济财务制度》是选择性执行，即只执行对自己有利的条款或者只是把其视作应付上级部门检查的暂时性工作；部分行政村仍然按照传统的惯例和民俗进行村级财务管理，未能建立完善的村级财务管理制度，从而导致农村财务收支乱、资金管理乱、账簿设置乱、票据使用乱等一系列问题出现；部分村集体尽管建立了村级财务流程制度，但由于村干部主观抵触、财务人员素质不高、财务流程不规范、农村业务灵活多变等诸多因素，导致没有按制度流程办理的现象，甚至存在一些自报乱报的行为，如在一些资金支付和项目审核上缺少审批人签字，在报销时村干部以收据甚至白条代替正规发票而入账等。
（三）村级财务人员素质低，财务核算不健全
强大的村级财务人员队伍，是我国农村财务管理体制健康运行的重要保证。但直至目前，村级财务人员匮乏依然是制约农村财务管理水平的瓶颈，财务人员普遍素质低下也远远不能满足乡村振兴背景下农村经济的快速发展。大部分农村财务人员由村干部委派或代管，其年龄偏大，文化程度低，缺乏财务方面的专业知识，也缺少相关的培训学习机会，这就致使在实际的财务管理工作中往往会出现业务不熟，程序不清，工作随意性大，法律意识淡薄等现象，造成集体资产流失、引发社会矛盾等诸多问题。另外，由于边远贫困地区经济薄弱，资金短缺，很难吸引到高素质财会人才，现有财会人员用不上、留不住、做不好的问题也更加明显，这更加剧了村级财务人员的短缺，严重影响农村的财务核算质量。