基于创新型创业的特点，课程设计应该更加注重创新性与系统性。系统性主要表现在三个方面：思维理念与管理知识双管齐下；管理类知识创新导向的体系化设计；强调理论性与实用性相互统一。
第一，创业管理应该从创新创业思维理念与商科的管理知识两方面双管齐下进行教学与研究。除了注重管理类课程的设计，还需要从创新思维理念，思维模式类课程入手。因为整个创业过程不确定性因素极高，需要根据市场变化情况不断的调整创业策略与行动，创业过程就是一个不断的迭代试错、反馈与调整修正过程。 因此在这个过程中，创业者需要具备不确定环境下的创业思维，具备高效的行动逻辑，需要洞察了解创业者特点，而这些都是创新型创业课程的思维类相关课程设计应该全面考虑的问题。在实际的企业经营与创业过程中，我们发现任何一个团队成员所具备的诚信品质、坚定意志、团队合作意识、吃苦耐劳精神、积极主动态度、思维方式等职业素养比岗位工作能力更加重要。因此在创新型创业课程系统化设计过程中，更应该考虑对学生创新精神、思维模式与职业素养的培养。
第二，管理类知识应注重创新导向的体系化课程设计。课程体系化应该围绕创新型创业过程输入输出系统（如图1所示）的特点，在课程设计时从系统各组成部分所需要的知识、方法及实践应用需求开展课程设计，把创新型创业课程体系也当成一个系统，从输入的原材料研究开始（创业团队建设、运营管理、资源整合与创业融资等知识方法），遵循创造新价值最大化原则，注重寻找创新型要素，如新市场机会，新商业模式（创业机会识别，市场营销，市场调研，市场测试，市场可行性机会分析与测评，商业模式，精益启动等知识方法），综合系统开设商科管理知识等课程。
第三，注重实践性与理论性并进。实际的创业过程中，并不能将所学的理论直接转化为实践，需要经过细节的雕磨与实际市场情况的检验，创业过程实际是一个注重细节并不断调整战略与策略的过程。因此在创新创业课程系统化设计方面，要将实际创业的迭代失败、反复试错、不断调整的实践过程提前演练，注重过程实操性、注意管理细节化及情境体验化，提前感知实际的创业过程。而培养学生的耐性、承受能力和应变能力最好的方法，则是让学员提前感知体会，模拟过程情境，具备相应的类似体验与经验。因此创新创业系统化课程设计应该将应用型课程与实践性环节贯穿整个课程体系。