（一）搭建农业产用合作创新信息服务平台
合作博弈是一种不完全信息的静态博弈，过程中暴露出来的许多问题（比如合作信任度缺失、交易成本高、道德风险的机会主义行为等）基本都与信息不畅通紧密相关。因此，政府应在这方面起到信息沟通桥梁作用，搭建产用合作创新信息服务平台。首先，应该学习工业领域的成功经验，构建起开放式创新社区（或论坛），把各类活跃的农户、农业技术研发创新人员和农技推广人员聚集在一起，就共同感兴趣的话题、农业生产过程或技术创新过程碰到的问题、技术解决方案或技术创新经验等进行在线讨论、沟通、交流和分享，对相关技术创新进行思想碰撞和头脑风暴；同时，研究机构通过对农户在社区中的相关信息和数据的进行科学梳理和专业分析，可以快速、准确、便捷、经济地识别出领先农户，极大降低合作创新的交易成本；此外，研究机构还可以在社区版块中提供适合农户实际情况和特征的、独具农户特色的“农户创新工具箱”，解决领先农户独立创新的技术瓶颈，提高创新效率和成功率。其次，构建产用合作创新信息发布平台。农户和研究机构都可以自由发布经平台审核通过的合作信息，内容包括基本情况的具体介绍、以往合作创新情况的详细介绍、目前合作需求描述、期望的合作模式、创新目标等信息，方便有合作需求者能高效地寻找到匹配度高的合作伙伴，节省交易成本。再次，构建产用合作创新技术共享平台。在不涉及知识产权及技术秘密的前提下，发布一些农业公共基础技术、粮食增产技术、农业生产实用技术、最新前沿技术以及产用合作创新的成功案例、成功经验、失信惩戒案例、相关扶持政策等信息，保障信息透明、畅通，提高整体创新实力和创新效率。
（二）完善农业产用合作创新的利益分配机制
由于创新的不确定性、合作契约的不全性以及创新成果的无形性等诸多特殊因素的存在，导致合作创新的利益分配机制经常会失灵，影响了合作创新积极性，极大地降低了创新效率。因此，秉承“共享利益、共担风险、激励相容”的原则进行合理的制度设计，构建科学完善有效的利益分配机制是合作创新成功的关键，它不但能调动合作伙伴的研发投入积极性，还能有效地防止道德风险以及由此引发的机会主义倾向和搭便车行为。
1.事前设计合理的合作创新契约。由于合作创新存在高度不确定性以及事前不可描述性和事后不可验证性，导致合同的不完全性，甚至有些合作创新无法完全合同化， 合作创新契约的设计并非简单的事情。其内容设计至少应包括合作创新成果的分配方案、激励结构和最终分配调整等三大事项，其中成果分配方案是最重要的。要明确约定合作双方投入资源的时间、数量、质量和价值，对无法价格化的知识资产要重新评估作价，明确合作中贡献的衡量标准，并在此基础上明确各自的权利和义务关系，约定成果的产权归属和按投入比例、合作贡献度来参与成果分配的原则；此外，还应该强化规避道德风险的协议条款，明确机会主义倾向和搭便车行为的界定方式和惩戒手段，提高失信成本，最大限度防止道德风险。
2.按合作双方的实际贡献调整最终分配。由于合作创新中投入的知识资产具有内隐性、研究过程中人力资本贡献具有难以计量性以及创新过程的不确定性和不可控性，因此，合作参与双方贡献度的计量和监督都很难在事前确定和设计，在合作契约中一般只作原则性约定，需要在整个执行过程中进行动态管理和动态调整。在合作创新完成后进行最终分配时，不能完全按初始合作契约进行分配，应该按约定的贡献衡量标准对合作全过程中双方的实际贡献进行重新计量和调整，按此贡献度和投入比例来确定最终分配。
3.建立合作创新双边激励机制。如前所述，在信息不完全的情况下，合作创新双方的努力程度和贡献度会大大小于最优状态，再加上出现机会主义倾向，会导致创新效率低下和社会福利损失。解决这个问题的最好办法就是从合作贡献度和知识产权两方面来设计合理有效的内部双边激励机制。对于合作贡献度的激励，要合理设计贡献计量标准并实施动态调整，按实际贡献情况来参与成果分配；知识产权激励制度包括对合作投入的知识资产和合作创新成果形成的知识产权进行激励，对合作投入的知识资产要实行严格保护制度，尽量防止技术外溢和非产权方滥用，遏制搭便车行为；对于合作创新形成的共同知识产权，要明确约定产权归属权和许可使用权，同时要完善产权方对非产权方的补偿机制，补偿办法包括货币买断补偿、股权激励补偿和其他知识产权许可使用补偿等。