自组织是相对于他组织或被组织而言的，按照哈肯的意思，如果一个系统是靠外部有目的有计划建构起来的，这样的系统就是他组织；如果不存在外部力量，而是系统自觉按照自身逻辑关系，和谐而又有序地形成某种结构，就是自组织。他组织或被组织是外部力量产生的结果，自组织是自发与自主产生的。自组织是系统发展的内因，他组织是系统发展的外因，内因是决定力量，外因是辅助力量。自组织是系统存在与发展最稳定、最佳的形式，是系统发展的内部动力，任何一个系统都具有自组织属性。何谓自组织属性？即当外部环境发生变化时，系统并不需要借助外力或其他机制，而是自发地、自动地发生反应，以适应变化了的环境。这就是系统的“自组织性”。自组织属性表明系统本身具有能动性，能够根据外部环境变化自动调适自我修复自主发展。
虽然自组织理论名为“自组织”，但不能简单认为自组织是自发和自觉生成的，自组织产生是有条件的。耗散结构理论认为，只有在非平衡系统中，在与外界有物质与能量交换的情况下，系统内各要素存在复杂的非线性作用时才可能产生自组织现象。维持系统的开放性、非线性、远离平衡态是系统自组织属性发生的必要条件。根据自组织属性和产生条件，自组织包含两层意蕴：一是与孤立、分离、瓦解相对应，强调联结、组合、协同等组织形式和力量；二是与他组织相对应，重视在组织过程中的自发性和自觉性。应当注意的是，虽然自组织是相对他组织而言的，但两者并不是对立的，任何系统不可能只存在单一的自组织或他组织，两者是并存的。他组织在很多时候是可行与合理的，并且系统在起始状态他组织起主要作用，在一定条件下，他组织可以向自组织转化。所以，强调系统自组织属性，不是否定他组织，而是创造条件，既凸显系统自组织属性，又能为他组织向自组织转化提供可能。