学校文化一般分为校园物质文化、制度文化和精神文化。学校文化的内核是精神文化，外壳是物质文化，中间介质是制度文化，它们是一个共同体，相互依存相互作用。精神文化的培育离不开制度文化的作用，物质文化是精神文化的外显。学校文化建设如果离开精神文化谈物质文化，或者只讲精神文化不考虑制度文化，肯定是不合理的。三者复杂的关系构成了一个复杂巨系统，根据普利高津的观点，这就是自组织形态。
学生对文化的理解、需要和认同千差万别，除了引导和适当规范外，精神文化的培育和习得，更多依赖于学生的自我生成、自我反省和自我构建。而自我生成、自我反省和自我构建，是自组织演化的重要路径。通常学校文化建设竭力强调外部组织因素，实际上是贬低文化的自组织，也就是没有认识到自组织是文化演变最基本的存在形式，“从系统与其环境的关系来看，自组织是系统存在的一种最佳形式，是系统在一定的环境下最易生存、最稳定的状态”。
学校文化研究的一个主要目的是如何完善学校文化的发生机制，而“研究文化的发生机制就是研究人的主体性的涌现机制”。学校文化系统的自组织属性，要通过学生来体现。也就是学校文化对学生的培育，只能通过学生自觉的活动才最有效。学校文化的主体性，就是不把师生当作客体，不以某种文化范式作为正确标准的来塑造衡量学生发展，不把学生禁锢在某种设计好的文化程序中。学生作为学校文化的主体，同时也是学校文化建设的目标对象。满足学生个性发展需求是当代中小学文化建设的最大主旨。随着时代变迁，文化多元趋势加大，学生的文化需求也呈现出多样化，价值取向多元化。预设的文化目标、培育模式肯定不能满足学生多样化需求。在“以学生为本”的教育理念下，学校文化建设必须以学生需求作为根本出发点，从学生的实际需要出发，提升学校文化建设水平，提供学生多样化发展需要的“文化环境”“文化工具”，建立生态的超循环体系，学校文化建设才符合法则与规律。