目前高校管理中，由于高校学生自身的问题和高校对学生的管理体制机制的不完善以及学生组织内部机制运转不健全，高校学生干部的管理工作存在着一些缺陷。
1高校学生自身的问题
1.1学生自身能力较弱，主体意识薄弱
“90后”成为校园网络新生代的主力军，学生喜欢玩，喜欢新鲜的东西，对自己的要求不高，但是对别人的要求却很高，大部分学生不爱学习。加之在家里是父母的宝贝，长期过着衣来伸手饭来张口的生活，因而他们的自身能力较弱，思想意识较为薄弱。高校扩招，高考录取率逐年升高，也相应地拉低了生源素质。学生素质能力的参差不齐也直接或间接影响了高校的学生干部管理 。
1.2学生当干部的思想意识趋于功利化市场经济的影响，使学生的思想趋于功利。他们加入学生干部队伍往往是“另有所图”，不仅仅是为自己的同学服务，为老师服务，为学校服务，大部分学生加入学生会或者社团都是有着强烈的满足自身利益的动机，或是在学校培养领导能力，或是为用人单位“学生干部优先”的条件吸引，或是为享受手中的权力，指挥自己同学的那种感觉。但是种种动机的背后还是他们为自身利益所考虑。
2高校学生管理体制机制问题
2.1学生干部选拔机制不完善
当前，学生干部普遍的选拔方式是通过竞选投票上任。然而在投票环节很容易出现拉票，甚至是“贿选”的现象，因而出现谁的人际关系做得足做得够，谁就可以上任，而不是根据个人能力来当选职位，违背了干部选拨“能者上”的基本原则。能力不强的人通过拉票行为竞聘上任了，很多真正有才能的人却选不上，导致了组织功能的严重弱化。此外，对竞选上的学生干部的培养也多流于形式，没有认真从实际能力上培养学生会干部。“重使用，轻培养”的现象非常突出，进而导致学生组织活动缺乏创新精神，活动执行力弱 。
2.2对学生干部的培训匮乏
学生干部一般在学生组织中工作的时间是一到两年，时间不长。从效用最大化的角度，学校很少组织学生干部的培训，培养的手段以及制度方面相对缺乏。对学生进行相关方面的能力培训是实现学生自我教育的重要路径，同时也是形成优良校风的关键所在。有着独特鲜明个性的“90后”干部若不满或者不服从学生的管理体制与机制，则会产生负面消极情绪，影响学生活动的开展，严重阻碍和谐校园的实现。
3学生社团内部运行机制不健全
高校的学生社团的内部建设也是影响高校学生干部管理培养成功与否的因素之一。目前高校，特别学生较多的高校，学生社团内部机构过于冗杂，成员较多，干部作用未能得到很好地发挥，部门之间职责划分不明确，缺乏活力和创新力，工作效率不高，不利于组织的健康发展。学生组织内部规章制度不健全，缺乏关于学生社团组织管理活动的相关规定。学生会或社团与各部门、各班级之间职责混乱，学生会组织缺乏协调能力，导致学生社团管理杂乱现象严重，干部之间互相推诿，办事效率低下。