自2010年教育部出台《关于大力推进高等学校创新创业教育和大学生自主创业工作的意见》以来，创新创业教育在全国高校逐渐推开，并取得了显著成绩，但也存在一些突出问题，其具体到思政课教学方面，主要表现为如下几点：
一是对于高校思政课教学在创新创业教育方面的功能与作用认识不足。据对广东科技学院、东莞理工学院等部分高校的初步了解，不少教学部门管理者和教师认为，创新创业教育就是传授一些创新创业的专门技能和知识，创新主要是搞科研，创业主要是开公司，这些主要是与管理、财经、计算机、机电工程等院系的专业课程教学密切相关，尤其是应由近两年刚建立起来的创新创业教学院系以及大学生就业处等部门具体负责；同时创新创业教育又属于就业指导课范畴，主要是政府和社会的事，所有这些均与思政课教学直接关联不大。
二是对高校思政课教学在创新创业教育方面的理论研究相对薄弱。从学术角度以及全国范围来看，目前学界关于高校创新创业教育的研究可谓成果充栋，但具体到思政课教学方面却寥若晨星，且仅有的几篇也主要是立足于价值唤醒、改革意向等方面，存在相对表面不够深入具体、研究空间比较狭隘不够丰富、理论认识到位然而实践指导性不足等问题。
三是对高校思政课教师在创新创业教学质量考核方面缺乏硬性要求。正是由于对高校思政课教学在创新创业教育方面的功能与作用认识不足，导致目前高校思政课教师在教学质量考核方面与创新创业工作不曾直接挂钩，缺乏硬性要求，教师对创新创业教育基本上靠的是自动和自觉。其最终造成的结果是教师对创新创业教育的重视意识参差不齐，在教学设计上出现程度不同的分歧，从而难以取得良好的创新创业教育的整体性功效。
四是对高校思政课教学在创新创业教育方面缺乏整体性的考量和设计。近年来，随着国家对高校创新创业教育政策引导和扶持力度的不断升温，多数高校学生就业工作相关部门高度重视并行动起来，并已初见成效。在这项工作中，思政课教学也有所作为，在课程教学中不同程度地摸索推进创新创业教育的内容和方法。但是，从实际效果来看，各门课程教学虽然在这方面均有所涉猎，却因为缺乏整体性的考量和设计，效果不甚理想，存在着碎片化、分散性以及随意性等情况，难以体现其应有的系统性和科学性。