（一）实践教学缺乏技能指导，理论与实际联系不够
目前，我国高校的研究生创新创业教育主要以教务部门牵头管理，学生创业团体自行组织，以创新创业讲座的形式对学生进行课堂教学指导，虽然部分高校和社会知名创业者已经开始合作，但是由于缺乏社会各界足够的关注，只是让少部分学生接受了零散的指导，没有带动足够多的学生参与到实践教学中来，进行全方位系统地技能指导。
（二）没有形成系统学科教育，“双师型”导师建设质量有待提高
大多数高校在研究生的培养方案中，虽然提出了要增强研究生的创新能力，培育创新创业意识，但是很多都没有把创业学作为一门专业来进行讲授，没有形成比较系统的学科教育。并且部分高校的双创导师队伍建设还停留在刚起步的阶段，造成该专业的师资力量十分薄弱，进而难以培养出高素质高质量，满足国家发展需要的创新创业复合型人才。
（三）当代研究生毕业出路多元化，创新创业教育定位逐渐模糊
随着社会转型的不断深入，研究生扩招后，学生供给与专业岗位需求比例逐渐失衡，随着就业渠道的不断拓展，就业方向的不断开辟，研究生的毕业出路逐渐呈现出多元化的特点。受经济下行压力的影响，研究生就业也变得有些困难，大多数高校在研究生教育上，只是把创新创业教育放在选修甚至是不修的位置上，使得创新创业教育的定位逐渐变得模糊起来。