第一，构建以“德为统帅”全面发展的考核目标。习总书记在全国教育大会指出六个“下功夫”，即要在坚定理想信念上下功夫、要在厚植爱国主义情怀上下功夫、要在加强品德修养上下功夫、要在增长知识见识上下功夫、要在培养奋斗精神上下功夫、要在增强综合素质上下功夫，努力构建德智体美劳全面培养的教育体系，形成更高水平的人才培养体系。前三个“下功夫”都强调了思想品德的重要性。全面提升博士生培养质量的“全面”，指的是以思想品德为“统帅”的德智体美劳全方面的发展。德是一个人、一个民族和一个国家的灵魂，立德树人是教育的根本任务，思想品德是博士生素质的灵魂。在思想品德考核过程中，要把“德”放在首位，要让大家摒弃“重才轻德”、“高分是人才”、“一纸分数论英雄”的传统观念，避免传统的思想品德考核侧重于理论知识即“才”的掌握，而轻视对思想品德素质的考核。突出以“德”为统帅全面发展的考核目标，可以使高校真实、全面、客观地了解和掌握考生的思想品德素质状况，从而不断改进和完善思想政治教育工作，促进博士生思想品德素质的全面提高。
第二，构建以“招生单位-导师-考生”三位一体的考核主体。申请-考核制下博士生思想道德考核主体应发挥招生单位、导师、博士生本人的作用，将尊重自主权和规范权力运行相结合，通过制度规范明确各自权责，构建“招生单位-导师-考生”三位一体考核主体。一是调整招生单位的职责。招生单位应成立思想品德考核的专门机构、遴选专业老师、确定思想品德考核的内容。学院工作人员应该认真审核学生提交的外语水平、科研成果等材料，特别是思想状况表，从中辨别材料的真实性及存在的问题。在考核环节由专业老师，比如马克思学院的老师就时事、热点等问题进行思想道德和政治素质方面的提问和答辩，从中可以判断出学生的立场观点和解决问题的方法。二是明确导师的首要责任。“申请-考核”制给了导师足够的自主权，他们是考核的首要责任人。导师的考核应该是全面性的，即要求导师对考生的考核不局限于业务水平和科研能力，重点是思想品德。导师要把思想品德考核渗透在专业考核中，通过专业考核的面试、复试、实验、交流、师生互选等环节，去考核和判断考生的思想品德状况，特别是考生的学术理想、学术品行等学术道德方面的方面。三是突出考生的主体性。博士生考生自我意识非常强，同时作为学习主体，对自己的思想品德认知发展的情况最为熟悉，因此，要充分发挥博士生考生的主体作用，引导他们自评、同学互评，从而弥补其他考核主体的缺失，促进他们自我教育、自我发展和自我反思能力的形成。
第三，构建以“学术道德”为主体的考核内容。“学术道德”是指在学术研究过程中、在处理人与人以及人与社会的关系中所应该遵循的行为规范。学术道德不同于家庭道德、社会公德等一般性的道德，它是人们在学术研究领域必须遵循的基本准则。博士教育阶段作为培养学术精神最重要阶段，博士生需要接受严谨的学术训练，开展深入的学术研究，并通过发表学术论文、参与学术活动及博士论文答辩等环节，证明自身的学术能力。作为未来科研主力军的博士生，把捍卫真理作为毕生的追求，更在乎自己的声誉，因此学术道德被看作生命线。近年来，各种报纸网络媒体披露博士生学术不端行为的报道越来越多，这些学术不端包括抄袭剽窃他人论文、低水平重复发表、一稿多投、不当署名等，这些违背学术道德的行为，对社会产生很大的负面影响。因此，在申请-考核制选拔阶段，考生的学术道德应成为考核的主要内容。一是考核科学精神和学术道德情感。通过考生提交的研究计划、研究成果等资料及各环节的交流、对话等，考核他们是否尊重学术，是否对学术道德产生认同感和信任感。读博士的目的是否是追求学术至真至善至美的终极价值。对学术研究是否有兴趣，只有有兴趣才能激发其求知、探索的热情增，从而增强学术道德情感。考核是否有崇高的理想和明确的学习目标、目的，是否认真了解自己的专业发展前景和合理规划自己的学习生活，是否有端正学习的态度和激发出自己内心真正的学习欲望。二是考核学术道德意志。诺贝尔物理学奖获得者杨振宁先生曾在上个世纪80年代初对到访纽约州立大学石溪分校的90多名中国学生学者提出：“独创性是科学工作者最重要的素质”。独创意味着独立和创造，意味着博士生要勇于挑战最前沿的科学问题，需要博士生有坚强的学生道德品格和坚定的学术理想。博士生的学术研究往往是在独自思考，独自研究的过程中进行的，在这一过程中，博士生会受到来自主客观条件的影响和干扰，需要他们坚守学术道德底线。而坚定的学术理想会促进坚强学术道德意志的产生，会让学生拥有锲而不舍的精神追求，把学术道德规范看作自己的行为准则。三是考核“诚实守信”意识。考核是否树立“诚信”意识，是否学会尊重别人，是否杜绝剽窃、抄袭别人学术成果的思想与行为，是否拒绝参与买卖论文的活动。同时也要学会尊重自己，进行学术研究时不弄虚作假，不虚构学术研究数据，要依靠自己的刻苦与努力，提高自己的学术研究水平，得到自己的科研成果。