1考核方式单一、考核过程流于形式
综合实践课程除了加强学生对专业理论的理解外，重点培养学生的综合实践能力、团队协作能力、自主学习能力及创新能力等。“教学产出”本身很难通过单一考核方式实现全面评价。而以实验或实训形式开展的综合性实践课，其主要评价依据多为格式统一的实验或实训报告形式。内容通常包括：实验目的、实验原理和实验装置等程序化内容，以及实验数据或实验现象的简单分析评价等结论性学习文件。即在形式上无法实现针对专业理论知识理解程度进行量化考核，又在内容上也无法全面、相对准确地反映学生在能力和素质方面课程教学目标达成情况，直接造成课程达成度分析困难，课程持续性改进方案无据可依。
同时，以小组或大组形式开展的综合实践教学活动，因学生人数众多，操作现场较为混乱，指导教师疲于纠正操作的规范性，现场考核依据难以留存。指导教师主要根据学生出勤情况，报告字迹工整性、内容完整性以及学生在课堂上的突出表现记忆完成课程成绩的最终评定。考核结果受教师主观性影响大、随意性强、过程考核缺失，导致学生对待这类课程的学习态度散漫，课上等、混及课后报告抄袭等现象严重，严重影响课程预期目标的达成，更无法做到教学相长。
3 考核标准细化不足、个体成绩差异评价缺失
综合性实践课程一般由多个项目组成，项目间会存在一定难度差异，通常在评分标准设定中很少考虑这些差异。这就导致学生为了获得一个理想的成绩，争抢完成相对简单的项目，不利于学生的自我挑战精神和创新能力培养。
另外，同一小组因呈现报告内容或提交的学习材料完全相同，成绩区分可考量依据有限。这也为等、混同学提供了机遇，只要进入一个靠谱的小组，即可确保高分通过。这种有失公允性的考核方法，也是导致学生忽视实践课程的重要原因之一。
4评价主体单一、评价手段落后
将学生间互评、学生自评纳入考核主体，与指导教师一起形成考核主体的多元化，已经成为当前课程评价体系改革的重要内容之一。但在实施中，很少约定学生间互评及学生自评的依据，忽略在成绩构成中总体与个体间的逻辑关系，常见做法是直接在小组成绩上通过小幅度加减分完成。其结果是教师不能对学生个体能力有准确的评价，学生也失去自身审视的机会，从而影响OBE教学理念的实施成效。
另外，综合实践课程教学多为集中开展，“教学产出”较为集中。基于传统评价手段，指导教师面临工作量巨大的批改和统计任务，这也是其考核评价手段单一的重要原因之一。