（一）村镇资源整合阻力大，产业化运营难
目前，功能区行政村共有4600多个居民点，平均每个居住点不到100人。村镇不仅面积小且布局分散，各个村镇原有的管理体系大不相同、规划各自为政，村镇整合要突破行政架构和区域布局两重困难。
村镇布局不合理，整合困难导致土地、劳动力、科技人才、等生产资源难以合理分配；人才、资金等要素向城镇单向流动；村镇人口、产业、经济、信息承载能力、集聚能力有限、大项目难以实施；进一步限制了功能区运营中的产业发展。
（二） 运营中产业管理存在缺陷，发展不同步
（1）农作物种植方面，目前功能区各个产业内，产量持续增值，但科学种植技术推广率不高、部分地区规模化程度不足、绿色高端农产品产能较低，不能充分发挥功能区的资源。优势崇州市稻田综合种养面积1333 hm2，仅占水稻种植面积的5.5%。运营模式中产业化服务的源头部位：科学种养管理服务不到位。
（2）农产品加工方面，功能区农产品加工企业数量不足，加工率低。大多数农产品以粗加工状态或直接进入市场，农产品价值链难以延伸，优质农产品供给不足。以粮油产业为基础的二三产发展程度低，目前市级以上粮油产业化龙头企业仅2家，粮食精深加工率仅8%。运营模式中产业链发展不完善，产业间融合对接须待加强。
（3）社会化服务方面，首先，功能区农业生产技术提供服务、资金服务、信息服务体系建设还有待加强。其次，农业产业化运营中品牌打造与企业对接存在问题，造成了多品牌，多企业，但农产品品牌推广度不高，功能区品牌销售收入仅占粮食产业的38%。这些问题制约着功能区的发展，需要对功能区内的产业发展运营体制进一步改良。
（4）第三产业发展不足，功能区产业跨界融合水平不高。虽然功能区打造了58公里稻香旅游环线、10万亩稻香金秋旅游季、等乡村旅游活动、凡朴生活圈、天府慢城等旅游品牌，但由于推广度不高，旅游服务体系建设不够完善，发展不足，目前乡村旅游产值仅占区域GDP的16.4%。有待通过运营中对第三产业优化管理，打造旅游为亮点的产业运营模式。
（三）乡村基层治理建设对运营模式支撑不足
目前功能区乡村治理效率不高，治理体系落后，村（居）委会承担应由政府承当的行政事务过多，自治组织行政化，导致自治功能弱化。
乡村文化站、农技站等公共服务资源利用率不高；农村公共服务供给不足：11个乡镇，自来水、燃气的普及率仅为50%和22%；关系到现代农业的基础信息建设不到位，光纤网络尚未实现“户户通”；关系到农村农业整体发展的行政资源、服务资源配置体系依然较为落后，难适应当前的人口规模、管理幅度及经济规模。