1.“线上”与“线下”的分离
目前阶段研究生已有的“双线教育”还是处于相对分离的状态，线上教学与线下教学缺乏关联性，线下教学体系与线上是“不相干”的，教学体系缺少层次，课程设置缺少先后。这就造成了各个学科知识可能有交叉重叠的情况，不仅耗费了大量的教育资源，更加重了研究生的学习负担。成熟的“双线教学”应该是线下、线上你中有我，我中有你。“双线教学”各自的发展状态取决于二者的相互关系,每一方的改变,都将牵动、影响和改变另一方,带来另一线的生长与发展,使双方的“共时性”发生改变,从而使原有的双线关系也发生历时的变化（李政涛，2020）。
2、线上教学师生信息交互弱
“双线教学”在研究生的教学体系中与基础教育体系有所不同，基础教育中授课主体是教师，知识获取主体是学生，整个教与学的过程相对比较被动。而研究生教育中，教育学的环节是教师与学生相互反馈的，教师在实践或案例中教授解决问题思路，再由日常教学实践中教师与学生发现新问题，解决新问题，整个教与学的过程是相对主动的。而疫情后来看，“双线教学”中的线上教学很多还是简单的把线下的课程搬到线上，学生还只是听课看课的被动状态。这就导致了研究生课程参与度不够，研究生的主观能动性、学习的自主性、以及研究生的创新性等发挥受限。所以现阶段的线上教育还不能够满足学生与教师的及时的相互交流。教师通过直播或者录播的授课形式还是有局限性，研究生不能及时反馈问题，教师也不能详细全面的了解学生的学习情况，显然现阶段的线上教育还是互动性较弱。
3、教师“双线教学”能力有待提升
“双线教学”的出现，势必给高校教师的教学能力带来更高的要求。从传统线下课堂走到线上，意味着教学的过程变得动态化、复杂化。疫情期间在新闻上不少有某某学校老师线上教学“翻车现场”的新闻。根据网上对教师在疫情期间线上教育情况的统计发现，很多教师在线上教学会产生焦虑，而产生焦虑原因主要是课上师生互动、线上平台或者设备不能熟练操作、以及教学组织混乱。这些问题的出现间接说明了目前教师的信息化能力欠缺、线上教学素材准备不充分、线上教学组织能力欠佳、不能达到与学生及时互相沟通。