（1）经济和城镇化发展程度导致的政府创新资源分配结构不平衡。成都、绵阳、德阳相比其他市州，经济发展快，交通方便，人口集中，城镇化程度相对川内其他地区高，区位优势明显，企业集聚的规模效应等有利条件使企业向经济发展快和城镇化程度高的城市集聚，导致了企业空间分布不均衡，进而加大了政府创新支持资源的地区分布不均衡。
（2）教育和科技创新资源的地域差异。川内城市与城市之间的教育差异，乡村与城镇的教育差异，导致了人才向城市集中的趋势，川内高校都集中在经济发展比较快的城市，重点实验室，创新孵化基地，创业园区都集中在川内发达城市，教育和科技创新资源占据优势的城市，对创新的支持力度，人才培养，创新环境的营造方面重视程度要比其他条件欠缺，欠发达城市高。因此，城市间的教育发达程度和科技创新资源差异，所导致的城市间政府重视创新支持政策差异，导致四川省政府支持创新力度不显著。
（3） 政府缺乏对科技创新支持的统一安排，即缺乏长期的战略安排。政府对于科技创新缺乏长期的战略安排。研发投入预期回报率的不确定性和“试错成本”高的特点，使政府在制定有关研发投入方面政策时，采取相对谨慎的策略，不敢贸然将大量财政资金投入高风险研发活动。单方面考虑研发成本和研发风险，缺乏对创新工作的整体规划、战略指导，不进行科技创新工作管理制度改革，注重效率提升，在全球化科技竞争中会被锁定在全球价值链的底端，即创新的低端锁定，致使创新步伐停滞不前。
为此，借鉴国际上其他典型国家、地区在科技创新战略安排方面的成功经验，显得十分必要。在科技战略安排方面，德国树立了典范且成效显著，德国2020年高科技战略（2020 High-tech Strategy for German: Idea·Innovation·Growth）从社会需求角度出发，对气候/能源、健康/营养、安全、交通、通信五个方面安排科技创新战略，此外，还制定了未来十大项目，分别是能源供应的智能化改造、再生原料和石油交替使用、个性化医疗、老龄社会独立生活问题、营养保健、电动汽车、网络保护、知识数字化体验、降低信息通信领域能耗、职业领域与组织十大项目。从短期到长期，从眼前到未来，把创新战略安排与社会需求、民生问题、国家安全、网络创新环境有机结合起来，便于创新工作稳步、有序推进。有了从整体到局部，创新体系内部到外部的科学战略安排的前提下，要注重创新战略和各行业、产业和企业政策精准对接。
根据已有研究表明，相比国有企业，非国有企业科技创新对企业战略差异和财税政策更敏感，且企业战略差异对科技创新存在负效应。即政府创新战略安排和企业战略偏离度越大，越不利于创新。由此，解决好科技创新战略与各行业、产业和企业发展战略的匹配问题，是优化科技创新管理工作的关键。
（4）信息不对称导致政府研发投入积极性不足。四川省企业数量庞大，各企业生产方式和经营状况都存在巨大差异，由于信息搜寻成本高，难以对四川省企业做系统而充分的了解，而且很多企业没有在发展模式上进行创新和改进。因此，在信息不对称条件下，极易出现类似企业“骗补”的机会主义行为，导致政府补贴的非效率配置。
（5）缺乏有效的创新激励机制设计。政府补贴激励创新效果不明显的原因，也与缺乏好良好的创新激励机制有关。如有研究发现，薪酬激励的创新补偿效应能有效提升财税补贴对绿色创新的平滑效果。因此，设计技术创新激励机制，应在技术创新的研究、开发、技术成果的转化与产品销售的不同时期，分阶段、有针对性的灵活设计激励机制，充分发挥激励机制的优越性，激发创新潜能，释放创新活力。
（6）政策路径依赖不愿提高投资力度。资源依赖会抑制企业创新，资源依赖型企业会产生研发投入的挤出效应，同时造成高技术企业的人力资源流失，这也进一步验证了“资源诅咒”理论机制，即资源丰富的国家没有实现经济的快速发展。此外，技术路径依赖也会抑制企业创新。后发国家相比技术领先国，依赖现有主导技术获得利润时，会对现有的生产设备、人力资本和管理能力形成路径依赖，而摆脱技术路径依赖的关键是需要引进优秀的、有先进管理经验和创新理念的人才，引进先进的设备，提升对技术领先国，技术溢出的吸收能力，实现赶超。由此可见，路径依赖会严重抑制企业创新和经济转型，而摆脱路径依赖可提升企业创新能力，增强政府在研发方面的投资意愿。