（一）生态补偿方式单一
随着野生动物栖息地保护生态系统的努力不断扩大，人们越来越担心农村社区所承担的保护成本。这些成本通常被狭隘地估计为由保护野生动物栖息地直接导致的失去的生计机会，而由于保护带来的生态收益而产生的无意识的人类负担往往被忽视。目前，野生动物栖息地生物多样性保护补偿大多采取资金补偿方式，除此之外其他政策补偿、实物补偿、技术补偿都甚少采用。因野生动物栖息地保护进行生态移民的补偿主要针对移民所损失的物质资产，如房屋、地上附着物、种植物和公共设施，但迁移后的生产恢复完全是移民自己的事情。这些生态移民项目资金未用于保护或恢复受生态移民影响的相同生态功能和物种组合，也没有为额外的栖息地保护提供资金。野生动物栖息地周围的农民生活水平整体不高，对森林等自然资源具有更强的依赖性，他们需要多元化的补偿方式来维持生活，所以对补偿政策存在更高的需求。野生动物栖息地生物多样性补偿制度缺乏长期供资保障或其他机制，以确保补偿行动的持久性。目前，生态建设工程形式的森林生态补偿有项目期限，且补偿资金不可持续。一些地方政府只重视生态移民搬迁前期的“一次性”补偿，而未考虑搬迁后生态移民的生计恢复。生态补偿方式单一，导致野生动物栖息地在地社区无法共享优先开发区和重点开发区的经济发展成果，从而长期陷入贫困状态。
（二）生态补偿资金不足
目前，野生动物栖息地生物多样性保护的资金为中央财政的转移支付，缺乏制度化的多元筹资机制。中央或地方政府的财政预算极为有限，生态公益林补偿基金只有省级财政支出，而由于地方财政困难，市级、县级森林森林生态效益基金配套却无法落实。地方财力不足导致生态移民的资金缺口较大,使生态移民搬迁难度加大。从中央到省（自治区）政府,再从省（自治区）政府到各市县政府的纵向财政转移支付方式是生态补偿资金的主要来源。中央资金即使会下拨到相应的县、乡,但其中经历了太多的行政层级,既有可能影响资金的利用效率,生态补偿资金被挪用的情况也频频发生。为了保护野生动物栖息地，生态移民要将贫困人口全体搬迁到异地,原有的生产资料、住房、基础设施等由于难以随之搬迁需重新积累和修建,因而资金需求量更大。国家对建档立卡户建房进行补助,确需生态移民的其他群众建房资金,由省市县统筹和群众自筹解决。
（三）尚未采用市场化补偿标准
野生动物栖息地生物多样性补偿在衡量自然资本和为生物多样性分配货币价值以及我们可能从中获得的服务方面存在内在问题。野生动物栖息地那些产生于生物多样性保护的生态系统服务是不容易定价的，它们相对或绝对价值是不明显的。相对于其他生态系统服务（生产食物、木材和能源）确实在市场价格上能够反映其明显的经济价值。因此，国家对野生动物栖息地提供的生物多样性服务价值进行的生态补偿没有与成本收益相关联，在确定生态补偿标准时没有反映出其特殊的、非市场化的价值。包括界定不清的补偿要求、没有分配执行责任以及缺乏明确的补偿参数，例如，补偿面积、基本的生物多样性组成部分、地点、执行期限、场地保护机制。森林生态补偿面临补偿标准低、覆盖不全、交易成本高、缺乏市场和竞争机制。目前，我国野生动物栖息地没有形成国家和地方生态补偿标准的动态调整机制。现有的生态补偿政策未考虑物价上涨因素，补偿标准偏低不足以补偿农民生态保护的机会成本和直接成本。森林生态补偿项目主要是对管理防护林和特殊林区的集体或个人进行补偿，补偿标准为每年每公顷9美元，其中30%的补偿费用于地面管理。对野生动物栖息地生物多样性“一刀切”的补偿政策导致补偿标准过低，部分农民的生计转型面临种种困境。以安徽省为例，铜陵市将集体林地上的国家级和省级公益林补偿标准分别提高到每年每亩30元、26元；马鞍山市将集体和个人所有的国家级、省级公益林补偿标准，每年每亩分别提高10元和5元；霍邱县将国家级公益林的国有林补偿标准由每年每亩10元提高到40元，集体林补偿标准由每年每亩15元提高到45元。尽管各地区公益林补偿标准有所提高，但是政府提供的生态补偿资金与生态系统服务成本相比仍然是杯水车薪。由于野生动物栖息地没有形成市场化的生态补偿标准，资源和环境的廉价甚至是无偿使用致使生活在野生动物栖息地的无法实现脱贫。