1绩效考核指标缺乏客观性
由于行政人员的工作内容存在模糊性、潜在性和间接性，且工作难量化、质量难考核，导致对行政人员的考核缺乏统一的客观指标，取而代之“平均绩效”、“吃大锅饭、搞平均主义”等，另外，在实行月度绩效二级分配时，科室主任大都是根据自己的片面认识或是为了科室内部和谐平衡分配，并不能真正体现“按岗分配，按劳分配，多劳多得”以及重要管理岗位的价值。
2绩效考核周期过长
行政人员的考核主要集中在年终考核，由于周期较长，上级领导对下级行政人员在本年度工作上的表现难以衡量评定。关于优秀员工的选拔大多数运用民主推荐的方式，同时为了科室内部平衡，出现“排资论辈”或“轮番坐庄”的现象。
3绩效考核结果反馈不及时
目前，大部分医院会用考核结果作为分配和奖惩的依据，忽视了对绩效考核结果进行及时有效的整合、反馈和沟通，无法引导员工未来行为和提高工作绩效，以及缺乏考核平台，员工无法对考核结果表达自己的意见，考核中出现的问题也无法及时发现。
4行政部门之间职责交叉
医院的核心工作为医疗，临床科室是直接从事医疗工作的部门，为了更好的服务临床工作、满足医院医疗相关工作的顺利进行，从而设立行政相关延展部门。但由于部分临床服务工作存在交叉性和涉及到多个行政部门，容易导致各部门之间职责交叉、职责不清。
5未实行岗位价值评价
许多医院并未对行政人员的岗位工作进行科学、具体的分析，而是简单地按照管理职务和分配比例系数划分，绩效目标内容的规划相对抽象，普遍是不同部门不同岗位的同一级别执行统一标准，没有成立专门的考核机构，而是由各职能科室分散组织和完成，大都只是为了完成行政任务，高层管理者、业务科室负责人和员工很少参与其中，导致医院对行政人员的绩效管理缺乏科学一体化以及降低管理的可执行性。由于没有形成岗位价值评价一系列机制，极有可能出现行政效率低下与行政人员趋同现象的局面。