（一）因为独立学院的办学性质决定了其办学经费来源于自筹资金。学院对办学经费的严格把控，导致系科教务人员配备不足。人手不足，加上教务工作涉及面广、工作内容繁杂、工作进度紧凑，全系的教务工作都是教务员一人承担，系科教务员一人对接整个学院教务处，负责上传下达各项通知，横向的整个学期、学年的各项教务工作，纵向每个年级的各项教务工作，全部由教务员一人完成，其工作量和压力可想而知。在超额的工作量和巨大的工作压力之下，教务员的薪资待遇低、晋升渠道基本没有。并且由于受重视程度排在教师、辅导员之后，收入分配也存在不合理状况，其心理上更容易产生一种不平衡感。所以如果有机会，系科教务员选择跳槽、转岗的情况很普遍，这就致使教务管理队伍不稳定，人员流失严重，新的人员上岗需要相当长的熟悉过程，如此容易造成教务管理工作的脱节、混乱。
（二）系科教务管理面临的新对象。教务工作的对象是教师和学生。从教师层面来说，为了补充师资力量的不足，聘请了一些外聘教师，而外聘教师不易于管理，本校的很多教学规章制度难以有效运用到外聘教师层面，造成外聘教师的教学过程中普遍问题较多，学生满意率低。从学生层面来说，目前出生于千禧年、成长与信息爆炸时代的新一代大学生，自我意识很强，自主、自理的能力却比较缺乏。作为在经济条件良好的环境中成长起来的独生子女，现在的很多学生从小就被父母、祖父母、外祖父母包办了生活甚至是学习的很多方面，动手能力差，遇事不善于思考、寻找解决问题的方法，导致很多通知都不能顺畅的执行。