医院全面预算管理通过对人流、物流、数据流的整合，明确适度的集权、分权、授权等内部控制，以事前分解战略目标、预算编制和审批，事中控制和执行预算，事后分析反馈为核心，要求全员参与，最终实现战略目标、合理配置资源、持续改善业务，提高医院整体的管理水平和经济效率，实现医院经济效益和社会效益最大化，全面提升医院的治理能力，建设运行可靠的治理体系。但是，从院领导层到基层员工对此认识不够深，主要原因在于大多数院人员都是临床专家，对管理知识特别是全面预算管理的作用了解较少，不重视全面预算管理的组织体系和制度建设，以及各种规章制度的制定。从而，导致全面预算管理系统流于形式，不能真正为医院带来收益。
2、对全面预算管理的定位不明确
到目前为止，公立医院几乎都建立起信息化的全院预算管理系统，但多数医院仍然流于形式，设立的目的仅仅是应付财政预算上报工作，基本未发挥其管理作用，对其定位尚未明确。同时，多数公立医院主要发挥预算控制医院成本优势，处于“财务管钱袋子”的阶段，而不是“绩效导向型”阶段，将战略目标分解至各个科室，在从科室划分到医疗组，层层设定工作量，确保医院全员积极参与，全部资产被充分利用和周转，进而提高医院的运营效率，提升医院经济效益和社会效益。
3、预算编制体系和方法不完善
现行的对数预算编制体系可能只包含各项费用预算、基建和设备预算以及财政拨款预算，而缺少收入和成本预算，这可能会导致预算只发挥控制资金的作用，而未发挥激励作用。除了基建和设备预算经过论证外，各项费用预算则是由归口部门填报并上报财务处审核，而审核的基础则是与去年比较，而不是根据对未来的预期汇总的数据，这可能会导致预算与实际偏差较大，预算准确性较差。此外，预算编制方法不够科学、合理。公立医院一般都使用增量预算编制方法，这在药品、耗材取消零加成的情况下，可能会使得预算偏离真实的费用，可能导致预算数大于实际数，造成资源的浪费。其次，在实际执行预算过程中，各归口管理科室对于预算项目包含的具体业务活动不清晰，存在多次重复报送、统计口径不一致的情况。