1、建设预算管理人才队伍，推进预算在各科室执行
全面预算管理需要全员全面参与，这就需要有一支强大的队伍推动预算工作顺利开展，需要培养一支包含专业人员、各科室业务人员，归口部门人员的综合性队伍，其需要掌握预算专业知识，并能够深入应用。在此基础上，以其为中心，不断培养各科室人员预算意识和思维，鼓励其积极参与预算工作，以最终实现节约成本和落实战略目标的目的。
2、“从上到下”明确全面预算管理的定位
首先，院领导层要明确其是重要的管理工具，引入全面预算管理理念，是为了让全院人员培养大局意识，协调意识，能够以较低的成本解决问题，还能够提高医院运营效率和医院效益。需要将这种理念、思维积极将传递给全院职工，达成共识，以便全面铺开工作。其次，负责全面预算管理的操作人员，在执行的过程中，要认真处理好每一个过程和细节，将其中不完善的流程逐步优化，以更快捷、更高效的方式服务于全院其他人员，最后，对于每一位员工也要逐渐利用全面预算管理的思维去做好管理工作。
3、采用科学方法，完善预算编制内容
由于医院集“医、教、研、防”为一体，其完整的预算体系应该包括收入预算、成本预算、费用预算、基建和设备预算、财政拨款预算和科研预算，教育预算等，而不应该仅仅包含其中几项预算，需要全方位覆盖，更加科学合理地配置医院现有资源。针对不同的预算内容，可以采用不同的预算编制方法。比如:医疗收入预算可以依据未来增长率，采用增量预算法估计；对于财政拨款预算，按照财政核定的预算计算；对于科研和教育预算，可结合政策的变化，采用零基预算编制。因此，需要结合具体情况，针对具体的预算项目有针对性的采取不同的预算编制方法。
4、强化预算分析，建立全面预算绩效考核机制
医院应当建立起科学的预算分析体系，对不同的部门、科室特点设置有差异分析重点，对科室的预算项目的执行情况定期分析，并追踪与预算产生差异的原因，实地去各科室调查和询问具体原因，并利用根因分析法，找到关键影响因素，并找到恰当的解决方法，协助科室真正解决问题，并能够实事求是上报预算。为了让科室充分接受这种方式，需要将预算执行结果纳入绩效考核中，从而确保预算编制的业务部门能够认真科学地编制预算，能够根据实际情况，将预算指标确定在与预期业绩相近的水平，减少预算虚高的现象的发生。