对于无效合同的承包人是否可以主张工程优先权这一个问题，不同法院存在着不同的裁判思路。有些地方法院认为仅在合同有效的情形下且建设工程验收合格的情况下才可以行使工程优先权，而有些认为则持即使合同无效，只要建设工程验收合格，便可以主张工程优先权的观点。该问题虽然针对承包人与发包人之间的效力，但是对于实际施工人能否行使工程优先权至关重要，由于实际施工人与发包人之间并不存在合法有效的合同关系或自始不存在合同关系，若认为合同无效的情况下不能享有工程优先权，那么讨论实际施工人是否可以行使工程优先权便无必要。
对于该问题学说也有许多讨论，例如梁慧星教授在其论文中明确表示“建设工程承包合同所生债权”是工程优先权的成立条件之一。根据《合同法》286条的规定来看，承包人在发包人“未按照约定”支付工程价款时可主张工程优先权，因此根据文义解释，应认为发包人与承包人之间具有有效合同时，承包人才可以主张工程优先权。从工程优先权担保的债权性质看，也应认为承包人行使工程优先权以有效合同为前提，根据《合同法》58条对于合同无效的法律效果来看，因建设工程属于不宜返还的情形，因此发包人承担的是返还财产和根据过错程度赔偿损失的责任，即具有普通债权属性，而非工程价款支付请求权，因此在合同无效的情形下，工程价款权担保的债权已不存在。并且合同无效是国家对于法律行为最为否定的强烈评价，因此合同无效的情形下不存在行使优先受偿权的合法基础。
但是基于法律的明确规定来看，并不应在合同无效的情形下否认工程优先权。《解释（一）》第2条规定建设工程合同无效，但是建设工程竣工验收合格的，承包人可以参照合同请求发包人支付合同价款，因此在合同无效的情形下，只要建设工程竣工合格，承包人仍然享有工程价款支付请求权，即此时合同效力得到了补正，工程优先权的基础债权得以恢复。《解释（二）》19条则是绕过了这个问题，将工程验收合格作为工程优先权成立的唯一条件，因此从法律规定来看，并未要求合同有效时才可成立工程优先权。并且根据添附理论，工程优先权的设立是以保护承包人已经物化到建筑物中的劳动和建筑物为目的，工程优先权的来源是工程价款，而非合同有效，若以合同有效为成立前提，那么在现实中有大量施工合同被认定无效的情形下，容易导致农民工的权益保护目的落空。因此，不宜将合同效力与工程优先权挂钩。