（一）面临的外部环境仍然有诸多不确定性
我国周边海洋形势总体稳定向好，但影响我国海洋安全的新变数、新难题值得警惕，尤其是美国及其盟友介入南海问题的力度不断增大，域内部分国家采取单边行动，影响南海局势稳定。美国特朗普政府单方面挑起全球性的贸易争端和摩擦，影响企业信心和投资贸易，增加外部环境的不确定。未来拜登政府“制衡中国”的这一目标不会改变，很可能对中国采取更严厉的对峙措施，并且做出更加直接的制裁行为。
（二）海洋产业体系的转型升级仍任重道远
我国海洋产业体系仍以海洋传统产业为主，滨海旅游业、海洋交通运输业和海洋渔业三个产业增加值和占海洋产业增加值的比重超过80%。海洋新兴产业规模较小，海洋服务业竞争力不足，海洋产业发展中的重要领域和关键环节仍存在发展质量不高的情况，海洋高技术产业领域人才仍缺乏。
海洋水产加工业仍以初级产品和粗加工为主，深加工发展滞后。滨海旅游业资源利用效率不高，存在的问题包括：滨海生态环境破坏严重；全国性圈占珍贵滨海资源；重复建设导致不良竞争；品质不高，对高端市场的吸引力不足；未形成世界性品牌影响；工业化和城镇化对滨海旅游资源和空间的挤出。海洋交通运输业大而不强。我国控制的船队总运力世界排名第三，但海运船队运力结构性过剩，海运控制力弱，在马六甲海峡、巽他海峡、龙目海峡等国际海运咽喉要道影响力十分有限。海运业仍缺乏一套全面、清晰、科学的海运服务政策和法律体系。
海洋工程装备业的核心技术研发能力较弱，拥有自主知识产权的海洋工程装备很少，核心装备国产化率较低，在设计和上游核心装备领域主要依赖进口。而海洋工装备配套领域主要依赖进口，国产化率不到10%，其中核心配套设备的自配套率不到5%。
涉海金融服务业相关机制和配套制度仍不健全，涉海企业融资的满足主要来源于政策性银行，而股份制银行、农村商业银行及其他金融机构相对较少。海洋信息服务业总体能力不强，核心技术依赖进口难以有效支撑海洋信息基础设施建设，海洋信息获取和通信能力亟待提升，行业标准仍不健全，“信息孤岛”现象严重，产业规模小。
海洋高技术产业领域亟需大量高端科技人才，但我国海洋高技术领域的基础研发人才、创新型研发人才、高级技能人才等严重缺乏，并且人才激励措施有限，很多科研人员缺乏技术创新动力。目前企业中关键技术研发和管理人才主要从国外高薪引进，这些尖端技术人才的流动性较大，也不利于企业技术基础的积累及企业长远的技术进步。
（三）海洋科技创新能力不足成果转化率低
一是海洋科技成果创新能力仍不足，源头供给不足。我国在深水、绿色、安全等关键领域的核心技术自给率很低，在部分关键核心技术领域与发达国家有差距，海洋产业的关键核心技术仍然受制于人。当前，我国在深海开发、海洋经济的绿色发展以及海上安全保障等方面的科技创新能力严重不足。
二是促进海洋科技成果转化的体制机制有待完善，海洋技术创新体系尚未形成。以企业作为主体的海洋技术创新体系尚未形成，基地、园区和创新平台的服务带动能力还较为薄弱，创新生态环境有待进一步完善。
三是随着科技兴海战略的深入实施，虽然海洋信息共享工作在数据内容、标准规范和技术路线上取得了显著成效，但已建立的海洋信息共享平台分散在各地区或不同业务部门，数据表达存在较大差异，彼此间关联程度低，难以发挥信息资源的整体效益。