我国农业供应链金融起步晚、发展快，取得了一定成效，但是依然难以适应乡村振兴战略发展需求：
（一）农业供应链金融效力存在“缺位”
当前，我国农业供应链金融难以保障农户和中小微型农企融资需求。一是在农村金融供给方面，面临供不应求问题。我国“三农”金融缺口超过3万亿元，2019绿色金融资金总需求为2.1万亿元，缺口近万亿元，巨大的金融供需矛盾制约了乡村振兴。二是农业供应链金融发展滞后，虽然农业供应链金融随着供应链金融的诞生而早在2006年出现，但是目前发展滞后，在农业金融供给体系中的比重较低，不占主导甚至重要地位，相对一部分的农户及中小微型农企仍然依靠传统的单独向金融组织申请贷款，提供抵押证明、担保材料，面临繁琐而缓慢的审批流程，最终批复的贷款资金寥寥无几，难以解决亟需的扩大再生产融资需求。三是农业供应链金融无法有效协同。虽然部分地区农业供应链金融发展迅速，但是难以有效整合农业供应链金融上中下游农企，实现农业供应链金融协同发展。目前，大部分核心农企和农业合作社仍然处于农业供应链金融探索阶段，创新了一部分供应链金融产品和服务，但是不成体系、金融产品分散、协同效应不显，无法有效整合农业供应链金融占全、现代、基金、保险等农业供应链金融工具，难以产生农业供应链金融的规模效益，增加了金融产品和服务的融资成本和有效性。
（二）农业供应链金融的核心主导不强
我国农企和农户面临的融资难且贵问题，主要原因包括：一是大部分农户和农企实力弱小。农业产业基础薄弱，导致众多农户和农企分散经营，规模小、实力弱，以及现代农企管理理念淡薄，存在不规范难健全的农企管理制度和财务机制，相对工业服务业创造力不强、专业技能不高，农业市场竞争力不强，在风险意识管控和内部控制方面乏力，容易受到外界经济、政治和自然因素的干扰和冲击，经常遭受自然灾害，较易诱发农业系统性风险，往往金融组织避而远之。二是尚未构建农业供应链金融信用体系。当前，农业供应链金融信用制度不健全，许多农户和农企产品同质，无核心竞争力，甚至导致竞争恶性，相互倾轧，致使农业利润率低，分散经营规模小，财务管理不透明，农业供应链金融信用意识不足，信用制度匮乏，农户和中小微型农企整体信用等级低，无法获得较高的金融组织贷款评级。三是农业抵押担保难。无抵押不金融。金融组织放贷的重要前提是足够的抵押物。然而，大部分农企和农户从事生产和加工农产品，建设农产品基地，缺乏足够的农业固定资产，农业专用设备难以担保，土地所有权在村集体，担保公司因为农业供应链金融风险大不愿担保，导致农企和农户贷款申请成功率低下。四是农企和农户难以获得资本融资。相对于工业服务业受到资本青睐，中小微型农企及农户很难获得股权投资，缺少资本运作和人财物资源和技术支持，难以有效对接资本市场。同时，中小微型农企及农户发展趋势不明显，财务难透明，抵抗风险不足，上市融资困难重重，较难获得天使投资支持，退出股权渠道受阻。五是农业供应链金融缺乏实力强劲的核心农企或者农业合作社主导，并且有足够的责任心为上中下游农企和农户“背书”，将整个农业供应链金融闭合起来，将对中小微型农业和农户融资小额、短期、分散的风险，从而将收益低、风险高、分散化的中小微型农企和农户与核心农企和合作社形成利益共同体，扭转“一对一授信”的传统模式，缓解信贷方信息失衡问题。这些问题中，实力强劲和有责任心的核心农企或者农业合作社是构建农业供应链金融的关键。