（一）参与耗材管理的人员配置不足且专业素质不高
通常耗材管理需要设备科和物价科共同管理，设备科负责采购和仓储，物价科负责收费准入和价格调整，但大部分县域公立医院耗材管理人员配置不足，通常仅配备1名仓库管理员和1名物价管理员参与管理，但随着医用耗材用量的快速增长，仓库管理员疲于日常数据输入，物价管理员匹配和调价工作量大增，2人未能有效发挥库存调控、价格监管、追踪反馈等职能，内控管理流于形式。此外，许多县域公立医院的物价管理员由护士兼任，缺乏系统的物价管理培训，存在成本管理意识淡薄、政策理解不到位、数据分析能力差等问题。
（二）医用耗材收费标准适用错误
随着外科学和材料学的不断发展，新项目和新实验成果逐步应用到临床诊疗中，医用耗材也越加丰富，但医用耗材收费标准却迟迟未更新。以柳州地区为例，公立医院仍在执行2010年发布的《广西柳州市医疗服务项目及价格》，该标准中很多收费项目陈旧，“除外内容”不清晰。物价管理员在耗材采购前没有充分介入医用耗材准入流程，对计划采购的医用耗材不了解，导致部分耗材采购后不能纳入医保报销标准，还有部分医用耗材在开立医嘱过程中出现“该收的不收，不该收的多收”的现象，极易引发监管处罚风险。
（三）账实管理分离
虽然广西地区的医用耗材已经实行集中挂网采购，医用耗材供应商的资质、进货渠道、产品安全已得到有效保障，采购透明度有所提升。但部分高值耗材，特别是植入材料普遍由经销商先配送到手术科室，再由仓库根据随货同行单补办入库盒出库手续，耗材管理部门往往仅扮演报销的角色，植入材料的实物直接由手术科室管理，导致医生对耗材的使用拥有绝对的话语权，耗材管理部门对临床科室的耗材使用情况缺乏有效监管，进而引起医用耗材占比不断推高，收费错误时有发生。
（四）信息化建设不足
由于各个医院自身的实际情况不一样，各医院使用的耗材管理系统不同。广西区内的大部分县域医院仍采用传统的物资管理系统，并没有建立起网络化的物资信息系统，一级库仅有医用耗材的基本信息、入库记录和出库记录，没有二级库管理系统，采购部门、临床科室和物价管理部门的耗材管理信息没有打通，造成“信息孤岛”，采购部门和物价管理部门不掌握医用耗材出库后的使用情况和临床科室存量情况，同时临床科室不清楚仓库的耗材储备情况，导致出现部分低值耗材采购后长期积压，以及临床科室的耗材浪费没有合理监管的情况。
此外相关按照规定，植入性医用耗材的记录应当永久保存，但很多医院仍采用手工记录加纸质单据保存的方式，没有完善的电子化追溯记录，导致植入性耗材的单据遗失偶有发生，后期溯源工作极其困难。