“包装的结构是包装设计中最核心，也最能打动消费者的部分”。生态包装倡导使用健康、无污染、资源消耗率低、可再生或可循环利用的材料为介质，在满足农产品不受损害和呈现商品的基本信息的基本设计需求的同时，还要兼顾到环保、健康、人文、审美等多重功能，低碳环保材料的选择是原生态包装的关键要素之一。
生态包装材料按照人工参与程度可分为天然材料和可降解材料两大类。天然材料如自然原生的藤草、果壳、竹木、皮囊等等，这些材料的生产没有人为干预，使用中除了清洗、剪裁等简单加工，没有其他的材料的加入，使用之后能在自然环境中分解，不仅不会对环境造成污染，还能有效降低包装成本。纯天然的包装材质是传达健康无污染理念的最直接和最有效的方式之一，例如用藤草编织包装的鸡蛋，用竹筒包装的茶叶，用布袋包装的小米。这些包装材料取材方便，成本低廉，根据地域特点选材可以传递出较好的亲和性和浓郁的民俗文化，体现人与自然的融合的特点。“在尼日利亚的农村、多数城市城市甚至城市地区原材料仍然大量使用以叶子为主要包装材料存在。历史上，这个食品包装方法是当地的传统文化和非洲的可持续生产的材料，使用叶子提取材料在加工制成篮子等。这些包装材料的加工是100％天然或不会与化学品有任何形式的相互作用。”天然材料并不意味着所有自然而然的材料都可以拿来一用，选择的时候还需要注意天然的材料应该是生长环境优越的材料，藤草编织可以用来包装鸡蛋，但是藤草本身需要是无污染的，外形健康、色泽鲜亮的，这样的藤草不仅仅起到保护鸡蛋的作用，其本身也具有审美性，藤草的绿色无污染才能传达出鸡蛋本身的健康属性，用竹木做包装的更要选择具有天然的纹理和色泽的竹木，让人对自然的亲和感油然而生。
可生物降解的材料如可降解的塑料制品、纸制品、陶瓷制品、布匹等，这些材料具有人为加工的特点，环保性不及纯天然的材料，但是大多也无毒无害，结束自己的使用寿命后，当受到阳光紫外线的作用和土壤中水分的影响，能在一定的环境中发生降解现象，最终以无污染的形态进入人们的生活环境中。可降解材料由于有人为加工的过程，形式更加普遍多样，可以根据人们的需求制作成各种形状、各种颜色的农品产包装。同时，由于纯天然包装材料受到结构和材质的限制，往往还需要这种低碳环保人工材料的辅助才能完美发挥自己的功能。如“安康农场”土鸡蛋的内包装是软质的柴草，外包装则是硬质的纸盒，这样的包装设计一方面体现了天然无污染的特点，另一方面也兼顾到了美观大气的市场需求。