项目制作为当前推行政府购买公共服务的主导形式，使各级社会组织获得了资金支持渠道并开启逐步走上规范化发展道路的契机。但是，这种技术治理的方式形塑和规范政社关系的同时，在实践中对社会组织同样存在挑战。
(一)价值取向偏离
从公共价值管理理论的角度分析，政府以项目制的形式向社会组织购买公共服务，并不是简单地追求服务供给的效率和质量，也是为了创造公平公正、多元合作等公共价值。但是，项目制的合同化运作具有市场竞争特征，其承载的工具理性难以适应社会组织的多元价值诉求，在此矛盾下，我国社会组织迫于生存压力易出现通过项目俘虏资金的经济人意识，“跑项目”成为组织目标，而无法定心做服务，思考社会所需，发挥组织所能，以致组织价值取向偏离、自主性丧失。
(二)专业能力虚化
社会组织的专业能力是项目制顺利实施的前提和保障。然而，实践中政府更多关注的是“短、平、快”及易于考核等政绩呈现快的项目，在项目的考核方面设置了各种量化指标，而社会组织在非对等地位和谈判条件下，只能花大量精力迎合和满足项目考核的数字游戏。长此以往，社会组织的专业能力易偏向于更好完成政府项目指标和填写项目文书以获得合法性支持，陷入事本主义、文牍主义，而不是最大限度地满足居民实际需求。因此，量化的评估指标虽能提高项目执行效率，引导和支持社会组织规范发展，但是过度指标化不仅易使公共服务悬浮，服务成效不足，也会阻碍社会组织专业化生长。
此外，非营利特性、大众思想观念的影响、职业发展通道不畅等造成社会组织对专业人才吸引力不强，高素质人才难以留住。由于没有充足的资金和合理的制度作为保障，社会组织专业人才流失率高，只能用非专业人员来填补人员缺口。笔者调研发现，作为高于一般社会组织的枢纽型社会组织，人才制约是S公益服务社专业化能力建设的一大短板，拥有专业社会工作资质的仅2人，易使其在项目竞争中与合适的项目失之交臂。
(三)可持续动力不足
社会组织的合法性支持主要来源于政府、市场和社会群众三个主体。
首先，政府对社会组织的支持。从现实来看，目前的项目购买在很多情况下并不是市场竞争或好中选优的结果，更多的是政府通过出台政策和提供场地、资金等对社会组织的一种孵化和培育措施。但是，项目制具有“短期化”的特点，一方面，这难以保障社会组织的运行资金链，易使社会组织迫于生存压力而“跑项目”，难于集中俯下身子扎根所在社区精力开展服务；另一方面，对于精神关爱、能力成长、社区矫正类项目，这无法形成可持续性运作，易造成“为项目而项目”的行为方式，这无疑会对项目的收益和成效带来负面影响，甚至造成二次伤害、资源浪费、环境污染等潜在新的社会问题。以S公益服务社为例，苏州市现行采用分批支付的项目资金拨付方式，“大部分项目周期较短，”该服务社成员说，“通常情况下，项目到后期才能步入正轨，还没持续运行，项目就结束了，这对我们和服务对象均或多或少造成不良影响。”