正如学者黄宗智所说，“项目制”理论本身也许无可厚非，但它需要其他的制度配套和较崇高的价值取向方才可能展示其所可能起的“现代化”和“合理化”作用。不可否认，介于科层化与市场化的项目制仍需要进一步优化。根据项目制机制和S公益服务社运行存在的问题，笔者提出如下对策和建议：
(一)坚持以人为本，平衡工具理性与价值理性
项目制之所以被政府和社会广泛应用得益于其基于工具理性将服务成效等无形产出转化为可量化的有形指标，从而实现了低成本、高效率、可操作的运作方式。但是，它在公共利益维护、公共价值创造等方面存在限度，不利于推进当前我国治理体系和治理能力现代化。本文并不是全盘否定项目制的技术治理逻辑，而是认为技术治理难以完全回应新时代共建共治共享的新诉求。当前，随着经济社会发展进入新阶段，人们对公共资源优化配置、基本公共服务均等化的诉求强烈，公平和民主日益成为社会发展的主导性价值取向。因此，矫正项目制对工具理性的过度追求，在工具理性与价值理性之间达成平衡，是跨越公共服务“最后一米”的不二法门。
作为社会治理的重要主体，社会组织应围绕以人为本的基本价值，在多元价值诉求中凝聚价值共识，明确组织价值定位以充分发挥组织功能，助推社会治理新格局。同时，社会组织应在新时代的浪潮中坚守其价值使命，一旦丧失价值底线，就能轻而易举被取代。
(二)强化内在能力建设，提高组织独立性
专业能力是社会组织安身立命之本，是其规模化发展的内在驱动力。当前社会组织发展不仅存在资金短缺的难题，而且面临人才偏少、胜任力不足的困境。社会组织要实现增能，首先要充分了解组织自身特征和发展定位，结合外部发展环境规划适宜的发展模式，分析并积极应对组织发展面临的阻碍。其次，人才是组织发展的核心要素，社会组织在人才的招募和培养上应与高校对接，形成高校“输送+培养”的模式，提高组织整体专业水平。此外，通过报酬待遇激励和职业规划并举的方式，提高组织内专业人才的职业认同和归属感，降低人才流失率。最后，在充分利用好政府等外部资源支持的同时，社会组织还应注重组织独立性，凭借高质量服务开辟新合作途径，提升组织影响力和品牌力，逐渐减少对行政的依赖。
(三)完善政策和监管体系，优化组织运营环境
长期以来，由于政策、制度、观念等原因，社会组织发展相对滞后，单靠组织自身难以改变当前整体现状，必须通过完善和细化相关法律法规引导、支持社会组织发展，避免“假、大、空”，真正给予社会组织足够的发展空间，使其具备专业化、规模化发展的条件。就项目制而言，应避免统一化的项目要求，灵活考虑不同类别项目运行所需的条件以确保项目可持续发展。
此外，项目制必须创新监管机制和方式，严格落实项目流程，保障项目资金及时到位，并对各项流程需准备的材料实行总量控制，减少项目实施过程中的“交易成本”，切实为社会组织“减负”，避免组织陷入形式主义。在做好常规和定期检查的同时，亦可采用飞行检查的做法以提高监管的实效和质量。