1高本衔接体制机制不健全
2019年职教20条出台，首次提出“职业教育与普通教育是两种不同教育类型，具有同等重要地位”，具体的职业本科教育如何建设依旧在探索过程中。2019年教育部职成司先后公布23所本科层次职业教育试点学校和4所独立学院转设的本科层次职业学校，2021年1月27日教育部办公厅印发《本科层次职业教育专业设置管理办法（试行）》，标志着本科层次职业教育开始破冰。然而高本“3+2”分段培养在2014年就已经试点改革，现有高本“3+2”分段培养所对接的本科院校绝大部分依旧为普通本科院校，并不是职业本科院校，并没有对本科进行高等职业教育改制，高职院校注重培养的专科层次技术技能人才与本科教育注重培养的理论型学术型人才在教育管理制度、人才规格、职业技能提升等方面不能深度对接、完全融合，教育体系无法从制度体制上实现真正衔接。
2.高本衔接教育体系人才规格层次划分不明显
现有高本“3+2”衔接体系中，高职、本科阶段人才培养规格划分不够明显，能力层级递进关系不够清晰、明确，研究生阶段的高等职业人才培养目标更是没有将职业技术硕士、博士与研究型大学区分开来，人才培养目标存在模糊，没有完全凸显职业人才培养能力要求。以国贸专业为例，随着跨境电商的迅速发展，新型外贸行业企业尚无根据具体的新型外贸职业岗位制定框架标准，对所培养的学生该获取何种知识、掌握何种技能、达到何种水平与素养等无清晰、明确、统一的要求与规范，新型外贸发展态势下高职、本科阶段人才培养规格也具体无明确说明，国贸专业“3+2”高本衔接各试点院校在人才培养中由于无高职与本科教育标准指导存在主观性大、随意性强特点，无法保证人才培养规格层次及能力的逐级提升。
3高本衔接目标定位与支撑体系不突显
现有高本“3+2”人才培养办学定位与思路存在差异。高职本科是职业类型教育，办学定位理应也是走职业教育层次提升之路，而不仅仅是学生学历的提升。而现有本科层次的培养完全脱离了应用型本科的培养目标，是理论型培养基地，而不是基于高职教育的人才成长基地，传统本科的教育理念模式很难在职业教育的应用型本科人才培养过程中有所突破。进一步，高本“3+2”分段培育中，要实现贯通，师资素质是关键的因素，然而，高职院校教师较多是中等专业学校转化而来，与高等教师标准差距明显，而普通本科院校的绝大多数教师缺少行业企业一线经验、缺乏实践技能、“双师”素质教师更是缺乏，并不能适应高本贯通即应用型本科教育需求，以国贸专业为例，具备“互联网+外贸”新模式技能的老师大多没有高学历，无法达到本科院校对教师学历要求，本科院校具备B2C/B2B外贸实战技能的教师严重缺乏，无法保证职业能力培养。此外，高本“3+2”衔接过程中存在管理和评价问题，诸如高职阶段学习的专业主干课程过程性评价无法得到本科院校认可，对实践能力、创新能力方面界定不够，高本“3+2”衔接中实训条件、教学资源无法一体化等都影响了衔接培养人才质量。