在交叉学科背景下，传统的单一导师制极大制约了研究生研究水平和创新能力的提升，已经无法满足研究生培养的要求。主要表现在：
（1）减少导师对学生的指导时间。多年的研究生扩招使一位导师通常要培养多位研究生，而且导师增加的速度明显跟不上研究生扩招速度。此外，导师精力有限，除了培养研究生之外，还需完成学校分配的教学工作，例如课堂授课、课程设计以及本科毕业设计等，完成各级各类科研项目，甚至还可能担任行政事务，使得导师对研究生的指导时间不得不压缩，学生在有问题时也很难寻得导师指导，以至于可能无法达到研究生的预期培养目标。但是在导师团队制中，每位导师都进行了明确的责任与分工，保障研究生培养计划的完善实施。在培养环节，团队中的所有成员互相监督，共同促进。这样可以避免团队中的导师出现消极怠工以及学生出现不端正行为，从而使研究生导师的职责得到充分履行。
（2）不利于开拓研究生的学术视野。当前社会需要的是复合型人才，且必须具有前沿的专业领域知识、掌握交叉学科的最新发展动态、熟悉专业领域的最新研究成果。但是单个研究生导师积累的知识广度以及深度有限，复合型导师团队则在知识的广度和深度上有所加强，不仅拓宽了研究生的科研视野和思路并提高了科技创新能力，而且使研究生的思维也变得活跃。基于导师团队制的研究生培养模式相比于传统的单一导师模式更易于促进团队成员的学术交流。依托于团队营造的学术氛围，采用多种技术交流手段加强团队成员之间的沟通交流和相互学习。比如定期或不定期的科研交流讲座、以及每周一次的小组会和每个月一次的大组会，汇总各组的典型问题，并针对各组的典型问题开展专题探讨，以及相对轻松的学术沙龙等等，使研究生在校期间就熟悉这些交流形式，锻炼自己的表达能力并激发科研潜能。
（3）不利于综合培养研究生理论和实践能力。随着社会科学技术的不断发展，社会要求研究生不仅有理论知识还需有解决实际问题的动手能力以及独立思考和创新思维的能力。不同导师对理论与实践的认知不同，侧重点也不同，使得培养的研究生有的只熟悉理论，有的则动手能力较强。这样的培养模式会使得培养的研究生总是存在短板，不利于其健康发展。比如在专业学位研究生的培养中，研究生导师虽然具有较强的理论知识，但在实践动手能力上却比不过企业工程师。所以，教育部鼓励高校加大与对口企业合作培养力度，构建研究生人才培养、学术科学研究以及为社会服务等一体化的研究生培养模式，推动专业学位研究生的总体培养质量。