（一）内涵模糊化引发的泛化与滥用
面对日益频繁的跨境数据流动对网络安全造成的冲击，为了维护本国国家安全，各国往往会主动行使网络主权对流动的数据予以规制，试图解决数据隐私及网络安全受到的威胁，然而，借助“基本安全利益”内涵的模糊性及援引的自决性，部分国家往往倾向于扩大解释范围，以保护本地产业免受外来势力竞争影响为目的采取一些名义上为保护基本安全利益的措施。最直接的表现便是构筑数字贸易壁垒，其中较为普遍和突出的形式是通过数据本地化措施限制数据输出，要求建立本地数据中心。此外，针对特定的数字贸易壁垒引发的争议，需要对现有规则和具体情况作出新的解释，这很可能导致语义上的重大分歧，条款援引不允许其他缔约国提出异议的强制性规定在加强国家基本安全利益保障力度的同时、削弱甚至架空了对援引国自决权的监督和约束，即使受到善意原则的指导和审查，但由于“善意”的界定与“安全”一样具有高度抽象性和动态演变性，其仍然无法提供一种确定且客观的参考标准，加之非传统安全范围的更新与扩张，均在很大程度上加剧了基本安全利益例外条款的滥用和误用。
过分主张的权利及其基于当事方自行裁量权的适用有可能导致国家之间的紧张局势，同时也会导致国际秩序更加不成体系。由此引发的负面影响不仅体现在对多边贸易体制产生的冲击，同时基本安全利益例外条款也有可能无法发挥实质性的作用：由于任何主权国家都有权决定其国家安全，包括网络安全的范围和定义，因此数据流动的自由流动将很容易受到监督和阻止，造成国际经贸往来中数据跨境传输的效率低下，被采取措施的对方成员国也可能基于同样的理由采取力度相当的反制措施，导致最初援引国并不必然得到基本安全利益的保障。
（二）各国对跨境数据流动的开放态度不一
在推动数据自由流动和保障信息安全的价值平衡上，目前尚不存在一种普遍接受的模式。导致一国政府要求限制数据跨境流动或实施数据本地化的原因有很多，例如保护国家安全及个人隐私、及时获取用于执法目的的数据、降低未经授权访问的风险以强化网络安全等，它们本身就是合法的目标，然而，数据限制是否是实现这些目标的最佳方式还不太清楚。例如，在执法要求的情况下，政府可以要求以数据镜像作为替代手段在本地保留数据的副本；在维护网络安全的情况下，要求数据本地化可能会因为本地数据中心的安全性较低产生适得其反的效果；此外，针对数据跨境流动的限制性措施还可能使一国错失通过将全球数据中心的数据分类获得更强大的网络安全保护的机会，数据监管也可能提高出口商的合规成本。正是基于上述潜在的风险以及可能的更优手段，各国对跨境数据流动的管制尚未达成共识，尤其是与保护基本安全利益这一目标的匹配度和关联性仍存有争议。