1 缺乏课程思政内容建设：目前大部分内科学的课程设计大多只对专业知识内容进行了准备，没有涉及思政内容。由于内科学章节内容较多，没有特地书写相关的思政内容，准备思政内容需要耗费较多的时间与精力，导致授课老师不愿意建设思政内容。还有，即使准备了思政内容，也可能由于内容不够有吸收力、感召力，学生不能产生共鸣，没有达到思政教育的实效性。
2 老师的重视程度不足：部分内科学老师对课程思政教育的认识不足，认为学生的思想政治教育是思想政治课老师和辅导员的职责，临床医学教育的重点是临床理论知识教学和实践教学，是让医学生尽可能更好地掌握临床知识和临床技能，尽快成长为可以治病救人的医生，忽视了课程思政对医学生社会责任感的培养和职业道德、人文素养塑造的积极影响。
3 缺乏系统地组织和规划：近几年各高校逐步重视课程思政，但主要是针对学生的思政教育，教师方面的思政教育没有被重视，更没有形成制度要提高教师思政意识。内科学教师大多是临床一线医师，分别在不同的科室，主要由医院党委、人事、组织等部门分管，教学工作只是其工作的一部分，医院的科教部门大多只承担分配教学任务，未承担教师的的思想教育工作，不能整体协调推进各个科室的教师思政工作。在教学考核评价方面，侧重于工作业绩与科研成果，教学方面大都只要求完成工作分配任务，师德师风只是底线要求而不是竞争性指标，大部分也没有规定与制度，因此课程思政教育落实效果差。
4 教师政治素养不高：随着我国改革开放的不断深入，社会思想多元多变的趋势明显。在社会主义市场经济条件下，追求个人利益，特别是追求个人物质利益是普遍现象，忽视人的精神文化需求，导致高校普遍存在一种观念，认为访学进修、科研课题、职称头晋升才是硬本事，思想政治意识热情不高，甚至消极应对。