（一）预警阶段
1.审计预防体系构建，组建成熟审计队伍。突发公共卫生事件跟踪审计的预防准备工作，必将提前准备和预警放在首要位置。为确保突发公共卫生事件跟踪审计工作的及时有效，拥有成熟的审计小组是前提。为将审计“免疫系统”预防功能最大化，审计机构建立由国家统一领导的、分级管理的审计分层机制。形成“国家监督领导小组-审计署-审计署派出局-省审计厅-基层升级机构”的层层细化的审计组织体系。职责分明、层层把控的审计体系促进审计预防功能的合理实现。当突发公共卫生事件发生时，专业审计人员及时主动发出审计需求信号，下节审计层面结合灾情发展趋势和区域特性等进行需求紧急度分级，提供跟踪审计工作的开展依据，并对审计需求信号积极响应。
2.设立风险预警机制。风险预警是突发公共卫生事件跟踪审计预警阶段的重点。突发公共卫生事件跟踪审计的滞后性，局限审计“免疫系统”预防功能的发挥，为弱化滞后性导致的损失，建立基于“需求预测-需求分级-物资筹集-物资调配”的应急物资风险预警机制。当突发公共卫生事件出现时，及时预测未来风险程度，进而防范实施审计过程中人员不足、资源浪费等现象的出现，最佳化审计“免疫系统”预警功能。
(二)执行阶段
实时披露制度和审计过程透明化。针对突发公共卫生事件工作中出现的物资管理不到位、物资资金流动和去向不明确的情况，跟踪审计依循相应的审计实时披露制度，对相应审计信息进行信息公开和信息披露。具体表现为审计机关在执行跟踪审计过程中对被审计单位追踪救灾物资流动途径，实时公开物资在各个环节使用情况的同时，还实时向公众反应发现的问题。包括对突发公共卫生事件物资资金来源的真实性、分配的合理性和效益性、使用的及时性和效率性等方面，进而对问题相关人员进行查处和对不当环节进行调整，将跟踪审计揭示与监督的功能动态结合起来。
（三）善后阶段
在善后阶段，审计机关有必要根据执行阶段收集的审计证据出具审计报告，对被审计单位资金运作体系进行整体评价，包括但不限于对物资管理机制、物资分级分配机制等的设计合理性和落实情况进行整体检查和评价。同时审计机关进行跟踪式公告的价值得到进一步体现，对审计共工作成效进行考察，综合利用审计结果总结审计经验，对完善跟踪审计体系提供补充，审计“免疫系统”修补和保护功能得到充分体现。