“盘活利用闲置宅基地和闲置住宅”是宅基地“三权分置”改革的主要目的，同时该条还明确写进了新的《土地管理法》，这是法律对现实需求的回应。但是并没有明确的法律法规对如何盘活进行规定，在理论上三权的性质和权利内容还存在争议，在实践中各试点地区也还在探索阶段。“三权分置”下宅基地使用权的流转必然要面临宅基地使用权能否对外流转，允许哪些形式的流转以及流转中受让人权利维护的问题。
（一）“三权分置”在理论上的争议
要解决实践中所面临的问题首先要解决理论上的争议，只有在理论上明确了各权利的边界，才能为解决实践难题提供强有力的依据。流转问题的核心在于宅基地“三权分置”中的三种权利的性质与具体内容是什么，特别是使用权如何脱离原来的身份属性成为一个完全的财产权。
1.“三权分置”下宅基地资格权的性质
关于宅基地资格权的性质问题, 由于其是一种新型权利, 国家立法机关制定的法律和中央政策并没有明确其权利性质,资格权的具体内容，因此引起学界的争议。目前学界主要有宅基地使用权说、 成员权说、总有关系说。成员权说认为，资格权是集体经济组织成员就可申请一定面积的宅基地所享有的权利，是一种分配土地的资格。也即一旦农户通过实际分配行为取得了宅基地使用权, 并且足额行使了该权利(例如分配面积达到法定标准) , 那么其分配资格权也就归于消失, 如果之后其转让了宅基地使用权, 也不再享有宅基地分配资格”。宅基地使用权说认为，资格权是具有用益物权性质的宅基地使用权，持此观点者认为:“中央一号文件所提出的宅基地‘三权分置’中的资格权是指现行法律上的 ‘宅基地使用权’,在‘三权分置’之后其本身并不需要也不应该发生本质上的改变,只有这样才能维持既有的法律制度不变,才会不改变现有宅基地使用权人的权利和利益状况。”孙建伟教授还提出了特殊的总有关系，认为资格权既具有成员权等身份权要素，也具有分配权、利用权和剩余权等财产权要素，其应具备身份性权利和财产性权利双重性质。
结合改革目的和宅基地实际权利配置模式，特殊的总有关系说更符合目前宅基地的功能定位。成员权说实质上认为宅基地资格权仅是一种分配资格，限制了农民的其他权益。资格权的范围和内容要高于成员权, 从资格的认定, 到资格的享有、资格权的形式以及对于宅基地权利的剩余权的行使, 都是资格权的内容, 而成员权仅仅是判定其具有成员资格以后, 享有成员资格所获得的集体土地分配权、 占有权和收益权等权利。将宅基地资格权用益物权化，与一物一权原则存在固有矛盾，宅基地资格权用益物权化将导致集体所有权被虚置。资格权应当是集体经济组织成员作为宅基地使用权人权利主体的象征，即使宅基地使用权转让后也依然享有除使用权和所有权外所有的权利，同时还享有在让渡的使用权到期后收回的权利，因此资格权实际上兼具身份性与财产性。
2.“三权分置“背景下宅基地使用权的性质与分析
在“三权分置”背景下的宅基地使用权虽然与原宅基地使用权采取相同的名称，但二者的权利内容是不同的。原有宅基地使用权分离成资格权和使用权，分离后的宅基地使用权是一个脱离身份性质的财产权，但是学界对于使用权的性质及其权能存在争议，主要存在四种观点。第一，有学者认为分离后的宅基地使用权是原宅基地使用权下的地上权，应具有较为完整的占有、使用、收益和处置权能，并能够独立对抗集体所有权和农户“资格权”第二种观点认为是在原宅基地使用权的基础上再次分离出一个次级宅基地使用权，让渡出的子权利具有物权属性。第三种观点认为“三权分置”后的 “宅基地使用权”是一个去身份化的权利，是将 “农户资格权”剥离之后的财产性权利第四种观点认为“三权”下的使用权不是原宅基地使用权分置出资格权后剩余权利的代称，而是直接派生于集体土地所有权的不动产用益物权———实质上已类似于国有住宅建设用地使用权的性质与权能。
所有的观点都是为了能在逻辑体系内自洽，宅基地使用权的权能设置应当为了促进宅基地财产价值实现并充分发挥市场机制对宅基地要素配置的决定性作用为基本出发点。在认定宅基地资格权是特殊的总有关系的基础上，宅基地使用权的属性应当受到集体所有权和资格权的限制，地上权说认为使用权是原宅基地使用权下的地上权，但原宅基地使用权原本就并不能直接设立用益物权，因为原宅基地使用权更多的是承担着农民生活居住的社会保障功能，其用益物权的性质受到限制。同时，次级用益物权的提出是借鉴德国法，地上权人可以让渡一定的子权力，权利层层递减，这种模式虽然能够解释在试点地区“转让一定期限宅基地使用权”的方式，但是中国的土地制度与德国存在明显不同，德国土地允许私有，因此个人拥有土地的完整权能，设置这样的权利模式能够充分行使所有权。但中国农村宅基地属于集体所有，成员只享有使用权，如果允许权利层层转让实际上会架空集体的所有权。现有的观点中第三和第四种观点其实本质上并不冲突，对使用权属于使用宅基地的用益物权没有太大争议，主要争议为宅基地使用权来源于资格权主体订立契约的法律行为还是直接来源于集体土地所有权。笔者认为应当严格区分基于成员身份取得的宅基地使用权和非基于成员身份取得的宅基地使用权，这样才能才能保证宅基地改革制度完整和前后呼应，突出资格权的独立价值。