建设一支具有高度责任心、较强业务能力和国际化视野的导师队伍，提高研究生培养质量是各高校的重要目标。但综观研究生培养过程，在导师投入指导时间和精力、师生关系不和谐、学生内在动力激发、分流淘汰实施等方面还存在一些矛盾和问题。
（一）在导师指导过程中，部分导师投入指导研究生的时间和精力不足
研究生培养过程中，需要导师投入大量的时间和精力，这是一个较为漫长的成长过程。部分导师招收研究生时间长，形成职业懈怠，投入指导研究生的时间和精力逐年减少，导致其研究生处于“放羊”状态。部分导师岗位胜任力不足，科研活跃度不高，缺少持续的科研项目，无法提供培养研究生所必要的经费资助，于是投入指导研究生的时间和精力也随之减少。部分导师由于职业懈怠、科研活跃度不高、行政事务繁忙、个人发展中心往校外转移等原因，投入到指导研究生的时间和精力非常少，甚至很少和研究生见面，导师了研究生的培养质量降低，但是由于研究生招生名额分配方法不科学，依然存在着论资排辈的现象，这部分导师依然每年占据着招生指标。
（二）在导师指导过程中，师生关系不和谐
由于研究生复试时间短，导师无法对研究生的思想道德、学习动机、学术能力、创新能力等进行充分了解，入学后过早地将导师和研究生确立一对一指导关系。在培养过程中部分师生由于观念冲突、目标冲突、利益冲突和个性冲突而产生师生不和谐现象。导师无法对研究生采取有效的沟通和疏导，师生之间产生敌对情绪，致使研究生无法继续进行学业。尤其是一些学习能力偏弱的研究生，需要导师进行不断的督促、提醒，更容易引起师生矛盾。加之最长学习年限规定，以及日趋严峻的就业形势，进一步加剧了师生关系恶化。多数高校更换导师的流程复杂，更换指导的导师和研究生的心理压力普遍较大，即使出现师生关系不和谐情况，更换导师者数量极少。
（三）在导师指导过程中，导师无法有效激发研究生的内在动力
不少研究生攻读学位的初衷是将学位作为未来就业的砝码，并非以追求学术为理想，自然而然在研究生培养全过程中带有强烈的功利心态，无法沉下心做好科研创新工作。由于研究生复试时间短，导师和复试小组无法了解研究生的真实学习动机，较难在短时间内了解研究生的内在动力、攻读学位的动机、准备投入精力和学习态度等真实情况，会出现一定的选才偏差情况。入学后，导师与学习动机不强的研究生难以进行持续有效沟通，导师无法有效激发研究生的内在动力，研究生不能将精力集中在学习和科研上。生活压力和经济压力对研究生的学习动力也会起到一定阻碍作用，部分家庭经济状况不佳的研究生因为学校、导师的资助力度不够而到校外进行与学术活动无关的兼职活动，导致投入研究的时间和精力不足。
（四）在导师指导过程中，分流淘汰机制运行效果不佳
2014年起教育部组织开展学位授权点合格评估工作，在学位授权点抽评要素中明确要求各学位授权点应进行分流淘汰，对不适合继续攻读学位的研究生要落实及早分流，加大分流力度，以保障学位授予质量。国外高校的研究生培养也有分流淘汰的过滤机制，例如美国博士生资格考试涉及的课程面广，考试程序严格，淘汰率高，控制了学位授予质量。在我国研究生培养过程中对导师和研究生两方面的分流淘汰机制运行效果有待提高。一方面，高校对投入培养精力不足和培养质量不高的导师缺少淘汰机制或运行效果不佳。在大多数高校中，撤销导师资格的对象仅限于违反师德师风、学术道德的导师，而研究生培养质量不高的导师并不在其中，要公开取消一个不称职的导师资格来自各方面的阻力非常大。另外一方面，在导师指导过程中，对不适合继续攻读学位的研究生实际分流淘汰率不高。虽然在研究生培养过程中设置了开题、中期检查等分流淘汰机制，但实际分流淘汰的研究生人数较少。研究生在某个分流淘汰环节未达标或不合格，往往会给研究生增加额外通过机会，使分流淘汰演变成延迟毕业，并没有做到实际上的分流淘汰。