各种人才的选拔和任用都有相应的条件和明确的标准要求，但部分高校对专业班导师的选拔标准却往往缺少明确的文件规定，而是采取随机分配方式让一些专任教师和党政干部等兼职承担专业班导师工作，人员结构复杂，政治面貌、岗位类别、职称等级等方面各不相同，造成专业班导师队伍的素质差异化、工作多元化现象，其工作效果也高低不齐。特别是近年来高校绩效考核机制的深化改革，根据教师自身的能力和特点将教师岗位进行分类并做具体细化，各类岗位教师的教学、科研和工作等能力都有不同，工作重点也存在着差异，指导班级学生的效果参差不齐，在学院和书院两种机构并存的状态下，无论是教师自身因素还是学校的管理机制，各种主客观因素都是不能有效的贯彻执行专业班导师制度的重要原因，学生教育管理过程中逐渐暴露出各种问题。
1.教师主动参与率低
随着书院制的设立，学生要面对“双院”两极化管理。特别是一些高校的书院制还处于刚刚起步阶段并不成熟，教师对书院体制还没有达到充分的认识和理解，甚至其对学生教育管理的作用持否定态度，加上执行过程中“专业班导师”无固定标准的选配，造成了实际工作“有现象、无本质”的问题。教师的实际参与率不高，即使担任专业班导师也只是应付完成学院布置的相关工作任务，而不是因为自己的兴趣和需要，对相关工作缺乏热情，能不担任就不担任，即使担任也是表面敷衍，并不主动参与学生的学习、科研和实践活动当中。一些高校没有建立专业班导师的相关奖惩制度，也没有具体的工作任务指标，致使出现岗位虚设现象，往往是老师顶着专业班导师的头衔，却没有尽到专业班导师的岗位职责，甚至出现了资深教师不担任相关岗位的现象，而是由一些年轻或新入职的教师承担相关的工作，教学经验还不够丰富，直接影响到对学生的指导和教育效果。
2.工作缺乏积极性和热情
书院制的出现，使得专业教师的工作职责及内容发生了一定的改变，范围在一定程度了出现了扩展，在“双院协同育人”机制并不完善的条件下，教师对学生的教育和管理缺乏主动性和积极性，认为学院和书院对学生的教育属于两个不同性质的独立机构，分别对学生有着不同的教育责任和义务，由于专业老师隶属关系在学院，平时只要做好课堂教育就好，其余的思想素质教育、生活管理教育等应属于书院的职权范围。特别是在学生教育管理工作的相关考核和评价机制不健全的情况下，并没有突显出专业教师对学生教育管理工作的重要作用及重视，更不能体现老师对学生除课堂以外的付出和取得成绩的认可，缺乏有效的激励措施和机制，致使专业教师对专业班导师工作意识淡薄，缺少积极性，不关心也不在乎学生课外教育管理工作的好坏，不愿意付诸更多的时间和精力，避免占用个人的教学和科研精力和资源，进而专业班导师的工作始终不能得到有效的开展和提高。
3.对岗位职责认识不清
长期受传统学院制管理方式的影响，教师对书院制的改革和创新举措需要一段时间的适应过程，对其目的和作用还不够了解，不能迅速完成工作思路的过渡和转变。书院制的改革使学生的身份带有双重性质，既归属于某个书院，同时也归属于某个专业学院，教师和学生都不是十分的确定学生真正的身份归属，致使很难执行相关的职责和任务，一些教师即使担任了专业班导师职务，但对自身的工作职责并不明确，不清楚哪些工作归属于书院，哪些工作归属于学院，把所有工作一担挑又会造成秩序上的混乱和工作上的低效；另外，有一些老师认为无论是人事关系还是学科归属自己都属于二级学院，与书院没有直接的关系，所以无需参与书院方面的各项管理工作和活动，更不应该承担书院方面的相关工作考核，将学院和书院的教书育人及管理功能完全割裂，出现对专业班导师的角色认识不清，以至没有明晰的工作思路，影响到“双院联动”机制的实际效能。