我国经济功能区出现在上个世纪80年代，经济功能区主要包括各种类型经济开发区、跨境经济合作区、边境经济合作区等。随着我国改革开放的深入，各种经济功能区遍布大江南北。由于经济功能区管委会行使经济管理和社会管理的双重职权，有学者认为经济功能区属于政府派出机关。政府派出机关可以履行一级政府的职能和作出行政行为，并能对其行为后果承担相应的法律责任。我国法律规定政府派出机关具有行政诉讼、行政复议的主体资格。我国《地方组织法》第68条中规定，各级地方政府派出机关主要为行政公署、区公所和街道办事处。因为经济功能区管委会不在《地方组织法》规定的派出机关之列，所以它不属于政府派出机关。由于经济功能区管委会不是政府派出机关，所以不能成为行政责任主体。此外，经济功能区管委会也不具备行政机关委托组织的特点。行政机关委托组织与经济功能区管委会具有本质区别。受委托组织能以委托行政机关的名义行使一定的行政权力，由此产生的相应法律后果由委托机关承担；而经济功能区管委会只能在一级政府的授权范围内以自己名义的实施行政行为，并自己承担相应的法律后果。总之，经济功能区管委会既不是一级地方人民政府的派出机关，也不是行政机关委托组织。
目前国家还没有出台有关经济功能区的统一的基本法，一些地方性法律、法规文件将经济功能区管委会认定为政府派出机构，现有的有关经济功能区管委会的地方性法律、法规文件位介都比较低。由于我国经济功能区管委会法律地位问题还没有得到有效的解决，经济功能区管委会一般不具有必要的行政主体资格，同理深汕特别合作区属于经济功能区，因此深汕特别合作区也不能以深汕特别合作区自己的名义对外活动，并承担相关的行政法律责任。现行《宪法》中有关行政区域划分的第三十条中没有有关经济功能区方面的规定，经济功能区没有宪法地位。总之经济功能区管委会法律地位模糊。由于深汕特别合作区属于深圳的经济功能区，所以深汕特别合作区管委会在性质上属于经济功能区管委会，它的法律地位自然也不明确。