深汕特别合作区在地理位置上和深圳没有接壤的地方。在深汕特别合作区成为深圳的经济功能区之前，其与深圳关系只是一般的飞地经济模式中的“飞入地”和“飞出地”的关系。鹅埠、小漠、鲘门、赤石四个镇是构成深汕特别合作区的主要地域，根据《深汕特别合作区体制机制调整方案》的具体要求，广东省将深汕特别合作区所在地的鹅埠、小漠、鲘门、赤石四个镇，按照行政区划的有关规定和调整程序改为街道，这对于深圳全面主导深汕特别合作区的发展具有非常重要的作用。 虽然深汕特别合作区位于汕尾市海丰县境内，但是按照深圳市委办公厅、市政府办公厅2018年发布实施的《关于深圳市组织实施深汕特别合作区机制体制调整的工作方案》的要求，深汕特别合作区将全面开展辖区内居民的户口薄和身份证、社会保障卡等的更换工作。但是实际上深汕特别合作区在行政区划上还没有正式划入深圳。目前在深汕特别合作区设立了一系列归属于深圳市的行政、司法等机构，使位于汕尾市海丰县的深汕特别合作区与汕尾市的各方面联系越来越弱化，这使行政区划问题成为制约深汕特别合作区区域法制的刚性制度因素。
虽然深圳市政府网站在首页有关深圳市情况介绍的“深圳概览”中“行政区划”的条目下，已将深汕特别合作区列入了深圳市的范围，将深汕特别合作区列入经济功能区的名单。深汕特别合作区目前适用深圳市人大及其常委会制定的地方性法规，存在着法理困境。因为地方性法规制定和实行的依据是我国宪法或者全国人大常委会对有关地方人大及其常委会的授权。目前存在的问题是深汕合作区在行政区划上并不属于深圳市，自然没有其在深圳市的人大代表，汕特别合作区适用深圳市地方性法规的法理基础并不稳固。