（一）海洋科学研究的概念争议问题
关于海洋科学研究的概念，无论是《海洋法公约》还是《生物多样性公约》都未进行明确规定。之所以在《海洋法公约》中未明确科学研究的定义是由于谈判国在对基础研究与应用研究的内容及区分必要性上没能达成一致意见。所谓基础研究一般是指“为了增进关于海洋环境的科学知识”的研究，而应用研究则是“与生物或非生物自然资源的勘探和开发具有直接关系”的研究，即带有商业意图去搜寻和勘探具有生物价值材料的活动，应用研究也被称为生物勘探。也就是说，是否具有商业化目的是区分海洋科研和生物勘探的关键因素。此外，实践中针对海洋遗传资源的开发和利用分为采集、处理、保存、分离、鉴定、测试以及投入等阶段，其囊括了对基因资源的科学研究和商业应用两个方面，换句话说即是针对遗传资源的生物勘探行为。因此，正是由于这种概念上的模糊导致了海洋科研和生物勘探范围的争议，能否厘清海洋科学研究和生物勘探之间的关系，以及是否可以将生物勘探视为海洋科学研究活动将直接关系到该制度可否对海洋遗传资源进行适用。
（二）海洋科学研究制度的内容缺失问题
首先，惠益分享是开发利用海洋遗传资源的核心问题，是海洋遗传资源法律适用制度争议的根本原因，尽管在海洋遗传资源的法律属性问题上可以搁置争议，但在惠益分享范围和机制方面，仍需要各国的共同协商谈判加以确认。货币惠益分享有狭义和广义之分，狭义的货币惠益分享是指利用海洋遗传资源所产生的经济利益（投入市场后所得收益），广义的货币贸易是指对海洋遗传资源s的潜在价值的评估，包括预付费、样本费等以货币化计价的表现形式。如果以海洋科学研究制度作为国家管辖范围外海洋遗传资源的法律适用制度，其可以为非货币惠益分享提供法律依据。但无论是第十三章还是第十一部分关于海洋科学研究的相关规定都未涉及货币惠益分享问题。那么海洋科学研究制度应如何为货币惠益分享方式提供法律依据呢？其次，理论界有观点认为，虽然采用海洋科学研究模式来解决国家管辖范围外海洋遗传资源的获取和惠益分享问题，是在现有规则基础上构建新规则的方式，是一种搁置权属争议，聚焦资源开发的务实路径。但是以海洋科学研究制度作为规范海洋遗传资源的法律基础不仅内容过于原则宽泛，并且没有详细法律规定，欠缺可操作性，实际效用有限，不能为海洋遗传资源法律制度的构建提供具体指引。