1、政策、决策及规划贯彻落实情况跟审
新时代背景下，高校内部审计职能已不仅仅是事后的查错防弊，而是作为一个全方位、全过程、全要素的监督检查者，高校各项经济活动的守夜人。内部审计不仅包括对本单位贯彻落实国家重大政策实施情况的跟审，还包括对本单位发展规划、战略决策、重大措施及年度业务计划执行情况进行监督和定期反馈，为高校的改革创新和转型发展提供政策建议。
2、各类经济活动的监督检查
监督检查作为审计工作的根基，是促使单位内部运行管理以及各项经济活动合规合法正常进行的前提和保障。随着高校各类经济活动的增加，监督检查的范围不断拓展，内容更加精细化、多元化，包括预算管理、财务收支、物资采购、工程项目建设（含修缮工程）、投融资审计、教学及科研项目及领导干部的经济责任审计等，监督职能确保了各项经济活动中资金使用真实合规、高质高效。
3、内控及风险管理
内部审计部门通过对高校各项经济活动进行检查、取证、分析和评价，发现经济活动活动及日常管理中存在的漏洞与不足，立足工作实际，着眼长远发展，对组织内部管理做出客观公正评价，提出具有可行性的意见和建议，驰而不息强化督导检查，并以制度形式构建问题整改长效机制。在大数据和云计算风靡的信息化时代，内部审计的信息化建设对防范经济活动风险和强化内控制度建设意义重大。
4、咨询与建议
咨询与建议的职能是基于组织内部日常经营管理活动、重大决策部署、上级政策落实情况等，对被审查对象日常活动中出现的疏忽漏洞、存在的隐性风险、政策贯彻落实偏差、决策部署不科学等方面提出改良的意见或建议，以帮助其更好的履行职能、节约资源或实现效益。主要涉及到学校的内部管理、各项经济事项决策的论证、重大决策部署的执行情况、建设发展规划的执行情况、教职工收入分配政策变化、学校财务预算决算、教学改革及重大项目安排等。