1 管理机构不健全
胶东半岛海滨风景名胜区至今未设立专门的管理机构，管理责任和权力关系不清，造成管理不便，同时未配备专职工作人员，不能正常开展各项工作。成山头、刘公岛、蓬莱区、长岛区等景区，均有独立的经营管理单位，但尚未形成有效的协调机制，规划、宣传、管理、市场营销等无法统一。
2 交叉重叠严重
两处风景名胜区分别与多个自然保护地交叉重叠，功能定位冲突，保护等级差别巨大，导致管理无法统一。其中，昆嵛山名胜区与昆嵛山国家级自然保护区、昆嵛山国家森林公园高度交叉重叠，均在昆嵛山保护区范围内，重叠率100%；尽管设立的管理机构同属于昆嵛山保护区管委，但存在“一个地块、多个牌子”的问题。胶东半岛名胜区与长岛国家级、庙岛群岛省级自然保护区、长岛国家级森林公园、长岛国家地质公园等自然保护地高度重叠。
3 规划范围不合理
风景名胜区在初期规划时，由于受当时技术手段限制，规划不够科学，造成土地权属不清，将部分城市建成区、道路等基建设施划入区内，并与城市发展规划、土地利用规划存在规划利用冲突；胶东半岛风景区至今未报批总体规划，还将部分没有特殊遗迹的海域划入区内，土地权属与管理权限之间存在矛盾冲突。
4 管理无法统一
由于风景名胜区划定标准是具有观赏、文化或者科学价值比较集中的区域，可将人文景观和自然景观划在范围内，而地质遗迹和风景名胜区管理职责在自然资源和林业主管部门，文物设施等人文景观由文化旅游或文物等部门管理；呈现出一个地域、多部门管理，管理标准不统一，适用法律法规不同；同时，交叉重叠部分又受到其他保护地管理限制，掣肘以后的规划发展和规范化建设管理。
5 资金紧缺，发展后劲不足
风景名胜区建设发展至今未纳入财政预算，总体规划难以落地，也导致科学研究不够深入，制约了规范化建设以及景观的科学保护与利用、可持续发展，影响风景名胜区各项工作的有序开展。
6 未列入保护地整合优化范围
按照自然保护地整合优化原则，原可通过整合、合并、优化，有效解决存在与其他保护地交叉重叠、规范范围不合理、多部门管理不统一等普遍问题，并在整合优化预案获批后规范设置管理机构。但实际工作中，风景名胜区未被列入整合优化总体设计，导致未及时解决部分历史遗留问题，从而对今后管理工作的开展形成障碍。