（1）实践基地运行存在缺陷
联合实践基地是校企双方产学合作的产物，是提高工程硕士研究生工程实践能力的重要场所。很多高校与企业合作建设了校内外实践基地，但在实际运行过程中，就提高工程硕士研究生就业竞争力方面，联合实践基地仍存在以下几个方面的问题。首先，实践基地是高校规划的学生与实际工作岗位直接接触的平台，但企业往往有自身的工作任务，不能完全听任学校的工作安排，造成投入不足。其次，部分校外实践基地缺乏科学的基地管理机制，培养高校一方认为学生到实践基地实习，学生的管理问题应由企业一方负责，而企业则认为不管学生在什么地方实习，学生的管理还是要学校全程负责，企业与高校出现管理脱节问题，影响实习效果。再次，校外实践基地教学没有达到预期效果，实践基地的教学资源有限，致使高校设想的实践教学提高工程实践能力流于表面。
（2）实践环节师资培养能力不足
与工学硕士相比，“双导师制”是工程硕士的突出特点之一，但当前校内外导师都存在一些问题。首先是校内教师工程实践素养有两个方面缺陷：首先，大部分校内导师属于学术型教师，在长期的学术成长过程中，水到渠成的形成了学术型的知识结构，重视理论研究，在实际指导研究生教学中会自觉偏向理论知识的讲授，忽视工程硕士最需要的实践指导。其次，校内导师工作期间一直从事理论教学，缺少到企业中进行实际工作的机会，与企业行业联系较少，缺乏工程实践经验的积累，不能及时有效的为研究生提供工程实践知识。
另一方面，校外导师是高校从合作企业聘请过来的工程专家，其人事升迁关系并不隶属于高校，研究生校外导师只是他的兼职岗位，而且很少有相关报酬，所带研究生就业质量的高低与他个人的职位晋升、工资待遇关系不大，单一的兼职单位报酬和不固定的职位对其没有多少吸引力和约束力。同时，民航行业对安全的高要求，全体企事业人员都处于大量工作中，无法有更多时间指导研究生，也造成研究生培养质量不高。其次，校外导师因长期工作在第一线，虽然累积了不少工程实践经验，但缺乏系统的理论分析，使其在指导研究生时不能与学校课程知识体系相结合，导致工程硕士研究生在实际工程问题解决过程中缺乏理论知识的指导。
（3）实践过程管理缺失
专业硕士在校内外实践基地实践过程中，往往是有一个或多个指导老师，学生意见表达渠道不畅通，高校与企业定期沟通考核机制没有完全建立。高校方面往往考虑到学生在企业管理范围内，由于距离和经费的限制，不便于给企业增加太多负担，同时学生在企业开展的实践项目往往有一定不便公开的限制。因此高校更加倾向于等到学生学有所成后，通过可量化或统一的模式考核实践成效。企业方面为实践学生安排工程实践老师，企业指导人员由于自身生产任务要求，对于学生的考核侧重于是否符合使用或销售要求，能否满足用户需求等方面，而校内导师往往侧重于工作的学术性或创新性质等，因此意见不统一，而且往往更加以校外人员意见为主。造成过程考核相对薄弱，或者处于真空的状态，不利于人才培养的落实。