1、农村集体经营性建设用地入市问题存在逻辑矛盾和法理悖论
一是集体经营性建设用地入市的法律依据存在逻辑矛盾。依《宪法》第10条规定，城市的土地属于国家所有。允许集体经营性建设用地入市之后，城市范围内就会出现集体土地的现象，那么该宗集体土地的权属是保持集体所有还是变为国有？这无疑与《宪法》第10条存在逻辑矛盾。二是存在法理悖论。农民集体对于集体土地享有的是所有权而不是使用权，而具有“他物权”性质的集体经营性建设用地使用权只能由非集体所有人享有。因此，农村集体经济组织无法以土地使用权实施“入股、联营以及收回”等，否则，就会出现“土地所有权”人在自己土地上拥有“他物权”的理论困境。三是农村集体经营性建设用地与国有建设用地实现“同权同价”尚存在理论障碍。依新《土地管理法》第4条，集体建设用地的入市范围仅限定在公共设施用地、城乡住宅用地、工矿用地等，而没有包括商品住宅用地等，其法律适用范围限制过窄，与国有建设用地的使用范围仍存有差异。所以，也无法真正实现农村集体建设用地与国有土地“同权同价”的改革初衷。
2、农村集体经营性建设用地法律定性不明
《民法典》中规定国有建设用地使用权的客体是国有土地，它是一种独立的用益物权。那么对于以集体土地为客体的农村集体经营性建设用地使用权如何定性法律没有明确，它应该作为另一种独立的用益物权还是涵盖在建设用地使用权规范里值得商榷。《民法典》第361条规定关于集体建设用地使用权的适用问题应当援引土地管理法的相关规定，而新《土地管理法》第63条又规定了集体建设用地使用权参照同类用途的国有建设用地执行。这种相互援引的、模糊的法律依据无疑给司法实践中法院审判案件带来诸多困惑。法院在案件审理中究竟是引用《民法典》中关于国有建设用地使用权的规定，还是按照农村集体经营性建设用地使用权的规定执行，导致其法律适用处于不确定的状态。
3、集体经营性建设用地的所有权主体虚置
无论是《宪法》第 10 条还是《民法典》第 261条都从法律层面上确定了农民集体是农村土地的所有权主体。但遗憾的是，对于农民集体的内涵现行立法没有明确界定，导致农民集体在法律上不具备明晰的权利主体资格、集体经营性建设用地所有权主体缺位、产权归属不明、容易产生农地无法进行入市交易以及交易的获利收益无法分配等一系列问题。土地权属不明确某种程度上也会导致公权力的任意干涉或控制，破坏农村土地交易的正当性，无疑会增长农地入市产生的矛盾纠纷，侵犯农民群众的合法权益，从而破坏农民入市的积极性，这些现象势必会对集体经营性建设用地入市的顺利推进形成阻力。