近年来，项目制作为公共治理领域一种常见的治理方式逐渐内嵌于高等教育
治理之中，作为一种新型治理模式，高等教育的项目制治理在一定程度上避免了单位制死板僵硬的“计划式”治理，同时缓和了科层制森严的等级戒备，为高等教育发展注入了自由竞争的活力。但值得注意的是，这种仰赖于科层制组织模式并以由国家为主导的治理模式，本质上并未能摆脱科层制官僚的行事作风同时也未能撼动国家惯于把控大学发展的思维，从而产生了一些弊端。
1.高等教育层级结构固化
在项目制发展演变为高等教育组织治理的制度模式这一过程中，项目逐渐具象为高等教育场域的通货，成为各高校位置互换的媒介。不同地区、不同层级、不同类型的大学及其成员的前途与命运被项目所裹挟。权威部门作为项目的发包方牢牢掌握着项目的“前世与今生”。与其他竞争规则不同，这场项目竞赛一开始就呈现出了被规划的竞争形态，本应同其他市场一样遵循的自由公平的原则被优胜劣汰的规则所掩盖。“政府控制、先赋性结构因素决定了高等教育竞争的样态与格局”。由此，被项目制所框定的“优势高校”排他性占有优质资源成为了不争的事实。它们依附于政府，运用公共权力在本质上实现了对高等教育市场竞争的限制或排斥，同时实现了对公共资源的公然掠夺。资源顺理成章地累积于“优势高校”的后果就是，高等教育重点建设中“强者越强，弱者越弱”的马太效应愈演愈烈，并成为阻碍我国高等教育质量整体提升的掣肘，高等教育结构固化出现的必然性大于偶然性。
2.项目至上之风盛行，学术生态趋于异化
大学是研究高深学问的专门场所，以学术发展为导向。大学学术权力的主体是学术组织和学术人员，他们依据大学内在的客观逻辑要求，追求科学真理和专业知识。当项目制逐渐内嵌于高等教育治理中时，高校内部法理权威式微，学术权力便受到僭越。此时，项目制由一种财政经费支持与制度安排，质变为一种对学术、高等教育组织以及教师个体行为评价的准则，建构了对于学术的优先性地位。项目化身为学术场域的一般等价物，并成为衡量高等教育组织和高校教师个人“业绩”的一把尺子。被行政权力所裹挟的学术权力被巧妙地包装成面向所有高等教育组织和教师个人的正确指引与毋庸置疑的通行准则，日渐引起高校学术生态的异化。事实上，每一个场域都有其独特的逻辑必然性，任何其他场域“在也不可化约成支配其他场域运作的那些逻辑和必然性”，否则将会面临合理性与正当性基础的质疑与丧失。高等教育重点建设领域的项目治理，逐渐演变成强势高校、学术精英瓜分资源的制度体系，在项目申报成功所带来的喜悦中掩饰其介入高等教育、大学学术的非逻辑性、非合理性与非正当性。