项目制嵌入高等教育治理所引发的一系列问题使我们不得不反思，高等教育项目制治理的真切意义是什么？高等教育重点建设的项目制治理能否摆脱已有的弊端？这是高等教育现代化治理过程中需要直面并解决的问题，同样是实现高等教育内涵式发展需要进行的探索。第一，完善大学内部治理章程。大学章程上承国家法律法规，下启高校内部各项规章制度，是高校依法自主办学、实施管理和履行公共职能的基本准则，为高校治理体系现代化奠定了基本秩序构架。作为法律的延续，章程对政府、公办高校、理事、管理人员等均具有约束力，并对大学权力的运行进行规制。要界定好中央政府、地方政府和高等学校之间的的权力边界。中央政府有义务积极探索并完善项目的分类管理与评估机制，营造公平良性的竞争环境，防止项目下放后出现因滥用权力而产生的“弱肉强食”现象。同时地方政府要做到因势利导，引导高校参与项目竞争。高等学校要量力而行遵循教育规律与自身发展实际，切忌为了追求大而全的发展目标盲目争抢项目指标。第二，明晰高校行政权力与学术权力之间的关系。行政权力和学术权力是高校有效运行不可或缺的两个方面，而非是相互对立的两种权力。要充分认识到二者的特性，理顺学术权力与行政权力之间的关系并正确使用这两种权力，让学术系统和行政系统相互协调、并行不悖地运行，从而成为支持大学发展的两股坚实的力量。要通过合理的制度设计和完善的行政程序，限制行政机关对学术组织的直接干预，扩大基层学术单元的自由裁量权，从而有效保护大学与学者的学术自由权利。同时加强行政权力的建设，这里的加强并不是指对行政权力权威性的加强，而是指对宏观调控能力的加强，强调行政的科学决策能力、执行力和服务意识。科学、合理地行使行政权力。第三，拓宽高校资源获取渠道，优化资源配置的方式。为减少对政府财政拨款以及项目的过度依赖，高校应该提高多元化筹资意识，积极吸引社会捐赠，扩大社会合作。结合自身特点，将多元化筹资与产教融合、校企合作等发展战略进行系统融合，增强高校统筹安排经费的能力，多渠道汇聚资源，增强自我发展能力。还要在立足国情、扎根中国大地的前提下，建立高校基金会、健全社会支持长效机制，推动高校基金会成为整合校内资源、对接校外资源、盘活存量资源、吸引增量资源的平台，成为校企合作的桥梁、校友联络的纽带，引导捐赠及其他社会资源更多更好地注入高校捐赠基金。