正确认识五年制高职教育模式的特点及优势,科学合理地设置和重组专业,是人才培养结构与经济结构协调一致的前提。近年来, 五年制高职教育在发展过程中，其专业设置局限性的表现尤为突出，主要包括专业设置单一，缺乏类专业之间的横向联系、中高职专业衔接不当以及专业设置缺乏自身特色等。
（一）职业院校专业设置单一，缺乏类专业之间的横向联系
在所有教育类型中，当属职业教育与经济社会联系最为直接、最为紧密， 承担着向社会输送技能型人才的重担。在经济化、信息化迅速发展的今天，只具备一种职业技能的人才逐渐会被社会抛弃。当前社会需要的是复合型高级技术技能型人才。学校的专业并不是一个个单纯个体的存在，而是相互影响、相互作用以及互相渗透的。因此，我们应该用联系的观点来看待专业设置。但是目前，大多数五年制高职院校的专业设置是孤立的、片面的，往往只重视某一专业的纵向发展，严重忽视了临近专业的横向联系。在这种原则指导下进行的专业设置，将学生束缚在了某一专业内，限制了学生的知识视野以及多种发展的可能性，降低了学生转岗换岗的能力，有助于学生成为社会所需的复合型人才。
（二）职业院校专业设置缺乏纵向上的有效衔接
五年制高职教育的特殊性就在与将中等职业教育与高等职业教育直接联系起来，在较长的年限里，逐步提高和增强学生的职业技能。因此，五年制高职院校的专业设置应有一个纵向上的有效衔接，以社会行业岗位调查信息为前提，后两年的高职教育应该是在前三年的中职教育的基础上对学生所学专业进行新的调整和设置，不断地拓展和深化学生的综合素养和职业技能。但是目前，大多数五年制高职院校的专业设置差强人意，其中最突出的问题是五年制高职专业设置比较随意。主要表现在没有充分调研、及时了解行业、企业就业动态，也没有及时撤消就业困难的专业，一般是前三年中职教育开办了的专业后两年高职教育照样开，没有考虑学生的学习接受能力及其与接受了三年的中职教育相比身心特点上的差异，中高职专业没有得到很好的衔接，课程重复等问题相当严重。学生的职业能力在后两年的高职学习中并没有得到实质性的提升，同时重复学习某项课程会降低学生学习的积极性以及浪费学生宝贵的学习时间。从而延伸出来的最大问题就是造成学生就业困难，降低职业教育的吸引力。
（三）职业院校专业设置缺乏自身特色
衡量五年制高职的专业设置是否合理的标准有三：第一，是否符合社会发展和行业的需求；第二，是否符合学生的发展需要；第三，是否体现了职业教育的特色；第三，是否体现了五年一贯制教育的特色。因此，五年制高职教育并不是要覆盖到所有专业。有关部门在进行五年制高职专业设置时，一是要考虑社会发展和行业的需求以及学生的身心特征，二是要考虑是否适用于职业教育和五年制高职教育的特点，充分发挥五年制高职教育所独有的优势，包括系统优势、时间优势和生源优势等。但是目前，大多数五年制高职院校的专业设置自身特色不明显，“依葫芦画瓢”现象十分突出。有的五年制高职院校在专业设置上不仅对自身定位不准确，还忽视了经济与社会需求导向作用，置社会和经济发展的需求于不顾。当前的专业设置明显与区域经济发展和社会需求不适应，专业调整滞后。除此之外，有些专业招生的规模相差比较大。进而导致接受职业教育的学生就业难的问题，五年制高职教育的自身特色体现不明显。