1监管制度不完善
目前国内电子商务正在蓬勃发展，前景受到各界人士普遍看好，但是由于监管制度不够完善，仿冒产品经常出现，严重削弱了高质量产品的市场信誉，而支付混乱、钱财两空的现象也不时发生，进一步打击了市场信心。
（1）在线支付资金时存在风险。电子商务一般利用信息技术，通过在线交易的方法来完成付款流程，达到资金转移的目的。这种支付模式被我国大众普遍采用，无疑给交易双方带来了低成本、高效率的好处。但与此同时，也给资金交易带来了一定的风险。首先，网络支付系统存在安全隐患，客户信息泄露、交易密码被盗等问题；其次，交易系统故障导致的资金流向不明。而目前缺乏完善的法律法规对这方面的保护。
（2）商家诚信缺失。众所周知，良好的信用环境是商业活动顺利开展的必要前提，农业电子商务亦是如此。农业电子商务涉及农产品的生产、加工、营销和物流等多个方面，有机农产品更是有严格的生产流程体系，这不仅导致农业电商经营难度较大，而且政府扶持与监管比较困难。监管制度不完善、巨大的经济利益诱惑以及消费者对高品质产品缺乏有效的鉴别，导致以次充好、制假售价的风气蔓延，加之不法商家的刻意误导，形成了“假酒都出在茅台镇、假蜜都出在蜂农手里”的错误市场认知，进一步打击了高质产品的市场信用。假冒伪劣产品不仅严重影响人们的正常消费活动，农产品电商中“劣币驱逐良币”的现象也给企业发展带来了巨大的风险，导致企业信用危机。当前我国农产品标准化比较低，生产、加工流程缺乏统一的标准，加之不时出现的食品安全问题和监管疏漏事件，进而导致无公害、有机产品认证的权威性受到公众的普遍怀疑。
2农村电商行业人才短缺
总体上，国内高素质人才远不能满足电子商务高速发展的要求，其中小城镇和农村尤其缺乏电商人才。以现代信息技术为基础的农业电子商务对从业者的要求极高，除了具备完善的技术使用能力之外，掌握一定的农产品市场分析预测能力和贸易交流能力仍是对从业者的基本素质要求[6]。社会就业观念、薪资待遇和农村基础教育条件也是导致农村电商人才缺乏的重要原因，许多人才不愿返回农村工作。另外，出于扶贫目的，一些地方政府会委托培训机构开展电商培训活动，但是培训活动以普及为主，层次非常浅，并不注重效果，仅仅是为了完成培训任务而已。叶星等认为，在农业电子商务的诸多现存问题之中，最突出的就是人才问题，而电商人才的培养应首先注重实践能力和基础能力。