（一）代理问题严重，权责不对等
我国传统股份有限公司将决策权、经营控制权、监督权分配给股东大会、董事会、监事会三个机关行使。股东不直接参与公司具体经营管理，而是通过投票表决的形式对公司重大事项进行表决。这就会产生经济学上的“代理问题”，即经理人与投资者之间的矛盾。在一股一权股权结构下，单一股东对代理人的监督成本远超过其所得到的投资汇报，因此其更愿意“搭便车”，这就使得经理人受到的监督相对薄弱。在管理公司事务时，因无有效的监督机制约束经理人，其可能会为了谋取个人利益，而牺牲投资者的利益，作出有损股东利益和公司整体利益的经营决策。采取双层股权结构的公司相较于传统公司更容易出现严重的代理成本问题，并且此代理成本问题并不再是经理人与投资者的矛盾，而是特殊表决权股东与普通股东之间的利益冲突。在双层股权结构下，由于收益权与表决权存在非比例性配置，特殊表决权股东无需购买大量股票，就可享有决定公司经营策略的控制权。也正是因为收益权与表决权分离机制的存在，这些股东可以按照自己的想法决策公司大大小小的事务，不论决策是否正确，其只需要在经济利益上承担较小比例的风险责任。相比之下，普通表决权股东的公司股票收益权高于特殊表决权股东，所承担的利益风险也明显高于特殊表决权股东。因此，在经营管理公司过程中，控制股东作为代理人可能会肆无忌惮地选择高风险交易项目进行投资，因为即使项目失败，也是由普通表决权股东承担较大亏损，而控制股东无需承担与其控制权相对等的高昂亏损，而只需承担较小的损失，这就导致股东间出现权责不对等的畸形现象。
（二）内部监督机制失灵
在一股一权股权结构下，公司的董事会和董事是公司治理的连接点，一方面董事会由股东大会选举产生并对其负责受其监督，另一方面董事会选举产生公司管理层，并对其监督问责，这就形成了公司内部监督机制。在采用双层股权结构的股份有限公司，公司创始人不当使用公司控制权，就可能使股东大会行使职权选举董事这一事项沦为公司控制股东操纵的木偶游戏。在选举董事会成员时，公司创始人可能会滥用高表决权，优先选择自己信任的董事，进而控制公司内部管理机构的组成。这就导致公司董事与管理层界限几乎消失，董事对于管理层的监督名存实亡，董事会和内部管理机构都沦为公司控制股东的提线木偶，任由公司控制股东摆布。此外，在双层股权结构下，收益权与表决权的差异化配置加剧了股东分化，享有控制权的特殊表决权股东形成了对于中小股东表决权的绝对压制。普通股东在公司治理决策方面的话语权被削弱甚至被剥夺，导致其无法通过投票选举代表自己利益意志的董事进入董事会。特殊表决权的滥用，使得普通股东救济路径一再受阻，也导致公司内部监督机制失去了其原本的效力。公司内部监督机制的崩溃又会消极促进公司控制权股东滥用控制权，进行形成恶性循环，整个内部管理机构沦为公司控制权股东追求个人利益的权力垄断机构。如此，不仅会损害普通表决权股东的合法利益，而且也会阻滞公司的发展。