双层股权结构具有不可替代的功能优势，符合公司自治的理念。尽管双层股权结构存在内在风险，也不能因噎废食，阻断双层股权结构的适用。为了更好的适用双层股权结构，需要精巧的制度设计，以灵活地规避双层股权结构的风险。通过解读上海证券交易所发布的《上海证券交易所科创板股票上市规则》（下文简称<上市规则>）的有关规定，探究科创板引入双层股权结构制度设计潜存的问题，为优化制度设计作好准备工作。
（一）特殊表决权股东资格要求
对于可持有特殊表决权股份的股东，《上市规则》4.5.3对这类股东从资历及持股比例两方面加以要求。既要求这类股东应当是对公司发展等有重大突出贡献的持续担任公司董事或其实际控制的人，又要求其所持公司权益股份不得少于公司全部已发行有表决权股份的10%。以对公司发展作出贡献的大小为依据，确定何等人员可以持有特殊表决权股份，看似合乎情理，但以什么标准判断贡献率，以什么证据证明贡献率，《上市规则》并没有作出明确的规定，但这些问题却是确定特殊表决权持股主体的前提。
同时，需要注意的是《上市规则》仅要求了特殊表决权股东持有公司股份的下限，即不得少于所有股份的10%，但是并没有规定这些股东的持股上限。《上市规则》4.5.7仅要求采取双层股权结构的公司所发行的普通表决权股份比例不低于10%，仅是保证了普通表决权股东提议召开临时股东大会及提出股东大会议案的权利。而在表决权不均衡的公司中，这样的保护显然是冰山一角，远远不能使普通表决权股东有效行使其话语权。虽然《上市规则》4.5.10规定，针对修改公司章程、改变特殊表决权权重、聘请或解聘独立董事等重要事项 ，普通股份与特殊表决权股份两种股份的表决权不存在差异，但是规则并未约束特殊表决权股东持股比例的上限，这就可能出现特殊表决权股东持股比例达到2/3以上的情况，此时普通表决权股东根本无法通过投票表决行使重大决策否决权。
（二）日落条款
双层股权结构制度中日落条款规定了特殊表决权股份失去特殊表决权而需按比例转换为普通股份的规定。世界范围内日落条款主要可分为两种，即期限型日落条款和事件型日落条款。上交所在《上市规则》中对日落条款的规定，采用了第二种形式，具体包括持有特殊股份股东的行为能力、持股比例、特殊股份转让以及公司控制权变更等四种日落事件，并且规定了两种日落后果。仔细推敲日落条款的规定，会发现《上市规则》对此的规定并不周严谨慎，不同日落条款存在交叉且存在明显疏。特殊股份股东只要不丧失履职能力和控股能力，持股比例不低于规定，就可以持续无限期地行使特殊表决权，而无需考虑这样的表决权差异安排是否还有利于公司的发展。而且这样的规定，对特殊股份股东尽职尽责并未作出严苛规定，这就可能纵容特殊股份股东遗忘初心谋取私益。
（三）信息披露及监管机制
《上市规则》要求采取双层股权结构的公司信息披露不仅要包括对风险、治理结构等公司基本信息的持续性披露，还要包括针对公司上市后出现的突发特定情形进行及时详细的披露。针对具有表决权差异安排的上市公司，《上市规则》还要求公司在定期报告中披露报告期内差异安排的具体实施和变化情况以及保护投资者合法权益的措施的实施情况。上交所重视公司信息披露的持续性，但却忽视了信息披露的规范性。虽然表面上看需要公司披露的事项多而广，但因并未对披露内容进行较为详细的规定，可能会导致实际操作中公司钻空子，避重就轻的履行披露义务。《上市规则》规定由监事会在年度报告中就具有表决权差异安排的上市公司的几件特定事项出具专项意见，以此来监督公司运行。监事会作为公司的监督机构，其监督属于“守门员式”的末端监督，往往不能在决策作出时对特殊表决权股东的行为加以监督，具有滞后性。《上市规则》针对特殊股东滥用特殊表决权损害其他股东合法权益的行为，公司或股东所需承担的法律责任，仅包括予以改正、通报批评、公开谴责及交纳惩罚性违约金等几种形式，相较于滥用控制权所获得的利益而言，这些的处罚方式未免太轻，无法起到应有的警戒作用。