双层股权结构可以有效保护公司创始人或管理人的公司控制权，有利于实现企业家特质愿景，但是，该制度在实践过程中，也伴随着内部监督机制失灵、代理问题严重、权责不对等等潜存风险的产生。上交所发布的《上市规则》为科创板引进双层股权结构制度确定了具体运行规则，但是《上市规则》并未对双层股权结构制度潜存风险制定妥善的解决方法。为此，我国仍需要进一步优化双层股权结构制度设计，加强风险监管，降低制度成本。
（一）股权结构优化
《上市规则》限制特殊表决权股东持股比例的最低值，是想要利用股票收益权来限制控制权的滥用，这本并无可厚非，但是规则却忽视了特殊表决权股东持股比例过高的风险。双层股权结构下，普通股东已然舍弃了普通事务的话语权，允许特殊表决权股东通过高表决权股份控制公司日常经营管理事务。若不对特殊表决权股东的持股比例加以限制，当持股比例超过三分之二时，特殊表决权股东对公司合并分立等特殊事务也同样占据了优势控制权。这就导致普通表决权股东的投票权形同虚设，根本无法通过股东大会参与公司治理，只能如同砧板之鱼，任凭控制权股东宰割。因此，《上市规则》应当要求特殊表决权股东的持股比例不得超过三分之二，以保障普通股东参与治理的基本权利。
采用双层股权结构的公司还可以通过调整管理者特殊表决权股份持有比例，来监督管理者，达到降低代理成本的目的。“委托-代理”的公司治理格局必然会伴随着代理成本问题，这是治理格局内生问题。但是双层股权结构却会使代理成本问题更加严峻。为了减弱代理成本问题，《上市规则》规定了特殊表决权股东的。为了约束委托人的行为，可以引进绩效考核制度，并把“按比例将特别股转为普通股”作为绩效考核失败的惩罚。具体可以对绩效设立季度、半年度和年度标准，当然绩效的标准是相对灵活的，可根据具体情况上下浮动，同时可设置豁免条款。
（二）强化控制股东信义义务
传统公司法理论表明，公司股东仅需向公司提供资金，对公司事务不予管理控制，因此公司股东仅需就出资额对公司承担相应责任，而对公司无需另行承担信义义务。但实践中，有的股东利用其持股优势等方式，逐渐掌握公司运营决策的实际控制权，成为公司的控制股东。由于缺乏对控制股东的监督和约束，这些股东可能会滥用控制权以谋取个人利益。为了削弱控制股东集权敛财的风险，美国最早在立法中明确规定控制股东应当承担信义义务，要求控制股东无论是直接或间接行使控制权，都应当遵循诚信原则，履行忠实义务和注意义务。采用双层股权结构的公司因其股权结构的特殊性，在强化公司创始人控制权的同时，也增加了其滥用控制权的风险。针对此,美国采用更为严苛的信义义务审查标准来监督控制股东行为。美国判例法针对不同的交易事由，详尽规定了控制股东对普通股东承担的具体信义义务内容。当控制股东进行的交易会引起利益冲突时，不能简单依靠商业判断规则进行判断，而是应该采用实质公平规则来审查公司控制股东。为了有效发挥双层股权结构的优势，我国实施双层股权结构制度时应该借鉴美国的做法，将公司控制信义义务设置为股东的法定义务。