梅洛庞蒂认为，特殊群体和普通群体之间存在着身体、知觉和归纳范畴意识等方面的差异。知觉在人感知世界的过程中具有统一性，人们对世界的认知是知觉统性协调下的结果。由于特殊学生的身体状况决定了其难以实现知觉统一性，导致其对世界的认知与普通学生之间存在差异；普通学生具有较强的范畴意识，而部分特殊学生则只能面向现实世界，难以拥有抽象的归纳意识。普通学生和特殊学生之间的差异使融合教育难以同时满足普通学生和特殊学生的需求。
（一）普特学生身体差异性
梅洛庞蒂说，“正是由于病人无视他的残疾，他才知道他的残疾；正是由于病人知道他的残疾，他才无视他的残疾”。在特殊个体参与社会活动时，因为身体的缘故导致个体难以实现某种活动意图，也正是在这个环节中，个体才深刻认知到自己的“特殊”。“幻肢现象”指的是个体在截肢后依然能感受到自己的肢体存在的一种心理活动，这和个体的自我压抑息息相关。正是个体在活动中感受到自己想做某种活动而不能的时候产生了自卑感和绝望感，因而深陷幻觉中，企图通过幻想自己有健全的身体来弥补心灵创伤。在专门的特殊学校，由于特殊学生交往对象都是具有特殊教育需要的特殊学生，个体在此环境中往往较少体验到绝望感和自卑感。但是在融合教育中，特殊学生和普通学生的接触往往会使得特殊学生感受到自己与其他人的差异，尤其是当其难以融入班级群体中的时候，更容易引起特殊学生的心理创伤，导致其产生不良的心理体验，甚至会自我否定，产生严重的心理问题。如果融合教育不能够解决这个问题，不仅不能够为特殊学生提供良好的成长环境，还会导致其产生不良的心理，甚至会因为自卑等将自己封闭起来，产生如“幻肢”等现象。
（二）普特学生知觉差异性
知觉在人的认知过程中具有统一性。也就是说我们很难找到单纯的听觉感知和触觉感知，在认知过程中这些感官往往是共同协作来实现对世界的认知。但特殊人群在认识世界的过程中往往因为身体原因难以做到知觉的协调统一。正如刚做过手术重新能够看到世界的视觉患者往往会觉得世界是陌生的，和其原先感知的世界存在巨大的差异。在随班就读的教学过程中，由于教学活动的场域主要主要为普通学生开设，无论是教学内容、教学方法还是教学评价等都是默认的知觉统一性下的产物，特殊学生在这个教学环境中往往难以适应。如果融合教育只是单纯地在理念上强调让特殊学生回归主流，以保障特殊学生和普通学生平等的受教育权和发展权，但却忽视普特学生认知上的差异，在教育理念和教育实践上难以做到真正普特兼顾、因材施教，往往难以真正实现融合教育。
（三）普特学生范畴意识差异性
普特学生之间的认知差异进而导致其在范畴意识上的差异。范畴意识主要体现在抽象思维上。正如梅洛庞蒂所言，“特殊人面向现象世界，普通人可以面向可能世界”。在对颜色归类中，普通人可以通过“范畴意识”，快速地将颜色归类，而病人则需要一一看样本才能进行分类，而缺乏一眼看出属于一类的样本。特殊人往往只能面向现实世界，如“计划去超市买东西，就不能认出顺路的朋友家的房子”，因为它不在“去超市买东西”的范畴内。在教学活动中，教学内容主要是以间接经验的文化知识为主，往往属于抽象认知活动。在此环境下的特殊学生，因为缺乏抽象认知活动和范畴意识，往往在教学内容、教学方法和教学节奏上难以适应。往往普通学生一点就会的知识点可能特殊学生需要花费很长的时间才能够消化吸收；普通学生学会就可以套用的知识点对于特殊学生来说可能依旧陌生。同样的挑战也体现在非教学活动中的师生、生生交往中。非教学活动在学校教育生活中占有重要的地位，是师生之间培养感情、促进教学活动顺利展开的重要途径之一。由于特殊学生在融合环境中相处的对象是普通人，这就为学校生活的沟通和交流带来了一定的困难和挑战。随班就坐、随班混读的现象就表明融合班级的特殊学生往往因为难以适应学校的教学环境。