任何理论都是逻辑与经验的产物，新时代背景下坚持扎根南疆办高校是建立在理论、现实、实践三重逻辑基础之上，拥有内涵丰富的立论之基。
1.理论逻辑
习近平总书记教育重要论述中指出：“建设教育强国、实现中华民族伟大复兴，要坚定扎根中国大地办教育的自信。”这是因为我国的独特国情决定了我国教育只能走自己的发展道路，解决我国的教育问题只能在中国大地上探寻适合自己的道路和方法。要充分意识到，我国办的是世界上最大规模的教育，教育发展还不充分也很不平衡，还有很多教育短板，教育改革发展就要与我国实际相符合。
2.现实逻辑
从全国的角度来看，新疆的稳定和发展是关键。稳定、发展和长治久安都离不开教育发展的支持。从整个新疆的视域下，南疆的教育发展，尤其是高校的发展又是更为关键的因素。从高校视角下审视南疆的教育发展问题，具有一定的实践价值和现实意义。
从南疆高校发展的内部环境看，经过多年的持续建设，校园占地面积、住宿条件、科研仪器设备、图书资料等硬件条件得到改善；内部管理机制不断完善，管理水平显著提高，但仍存在一些不足：高校总体规模较小，高素质人才资源培养能力尚显薄弱，难以适应高等教育向大众化阶段的发展特点和变化，高校发展与经济结构布局的契合度有待增强。要立足以南疆社会需求为导向，转变学科专业结构，服务国家层面的战略和南疆当地的发展，实现区域产业升级。
从南疆高校发展的外部环境看，国家层面的“一带一路”倡议、援疆政策等为当地高校带来新的发展机遇，有利于高校进一步弥补硬件设施和人才短板。当地的自然资源、区位优势和经济发展，对高水平人才的需求量很大，有利于高校适当扩大办学规模。与此同时，部分发展短板仍需引起重视：对政策性资金需求大，发展路径对外部依赖强，培养高质量人才能力不足，对南疆经济发展的贡献度和支撑力尚有提升空间等。
3.实践逻辑
脱贫攻坚、全面建成小康社会、“一带一路”五大中心区的建设等重大国家战略，对南疆高校的发展提出了更为实际的要求。高校应该主动把提高服务南疆作为发展方向，充分发挥高校在教育扶贫、产业扶贫、人才扶贫等方面的优势和作用，探索建立产学研用相融合的长效机制；加大对南疆紧缺人才的培养力度，为当地输送大批合格适用的高水平人才；遵循高等教育综合改革指导，突出南疆高校的办学特色和优势。